命令 (1)gmx pdb2gmx(从库里下载的pdb文件转成gromacs的坐标):-f(输入pdb文件)-o(输出gro文件)-p(输出top文件)-i(输出itp文件)-n(输出ndx)-ignh(舍弃H,系统会自动加上)-ter(肽链两端质子化戴帽子) (2)gmx editconf(建一个盒子,放分子):-f(输入gro文件)-bt(盒子类型,默认立方)-box(x y z 盒子...
这样,使用 pdb2gmx 处理PDB文件的时候,就会得到各个链的拓扑文件,如topol_A.itp,topol_B.itp等等,并都被topol.top包含。 以上所述使用一个字符标识PDB文件中不同的链,是因为PDB文件只使用第22字符列作为链标识位,两个字符以上不认。(即AA,AB标识的链都被认为是A链。) 那么如果拿到一个没有链标识符的PDB坐...
Gromacs处理amino acid residues小结 在使用Gromacs进行分子动力学模拟的时候,首先一步是将从氨基酸数据库下载得到的PDB文件处理为Gromacs所使用gro文件,使用pdb2gmx可以做到这一点。 pdb2gmx命令的使用时有很多参数,需要细心设定。比如: 1、若希望多肽两端闭合为NH2和COOH,需要在命令后面加上-ter参数,命令执行后会出现...
1 下载pdb文件 1OMB.pdb (http://www.rcsb.org/pdb/) 2用pdb2gmx 处理 pdb 文件 pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –water spce pdb2gmx此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。 -ignh因为本pdb文件是由 NMR产生的,含有氢原子,因此用-ignh选项忽略文...
TOP文件一般由pdb2gmx产生,grompp程序生成模拟TPR文件时使用。 TPR文件:模拟打包文件(.tpr)。该文件打包模拟需要各种信息,包括模拟系统,模拟控制等。 TRJ文件:全精度轨迹文件(.trj)。该文件包含模拟系统模拟各个时间下的原子坐标,速度和受力等。所含帧数频率由MDP文件控制,文件较大。 TRR文件:以上同,一般为默认格式...
根據力場定義修改pdb文件C端的原子名，pdb2gmx時再用-ter選恰當的 terminus type (不同力場定義的cter...
pdb2gmx在判断端基时会出错, 从而导致失败. 也可以使用pdb2gmx的-ter选项手动指定端基, ...
-ter 是这么用嘛“gmx pdb2gmx -ignh -ter -f 151.pdb -o 151.gro -p topol.top”，求指导...
这样，使用pdb2gmx处理PDB文件的时候，就会得到各个链的拓扑文件，如topol_A.itp，topol_B.itp等等，并都被topol.top包含。 以上所述使用一个字符标识PDB文件中不同的链，是因为PDB文件只使用第22字符列作为链标识位，两个字符以上不认。（即AA，AB标识的链都被认为是A链。） 那么如果拿到一个没有链标识符...