主要工具:gromacs + gmx_mm/pbsa(脚本) + APBS,gromacs在这里的安装就不在赘述了 1.APBS 在unbutun下能直接安装: $ sudo apt install apbs 2.gmx_mm/pbsa脚本:来自哲科文李老师,见文末下载链接 3.7 MtD 1.Metadynamics(MtD)可以使用PLUMED 和Colvars等分子模拟计算自由能的插件,限于篇幅问题下次更新做单独的...
conda create -n gmx_mmpbsa python=3.9 -y -q 并激活环境: conda activate gmx_mmpbsa 然后执行以下命令安装gmx_MMPBSA的最新版本: conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能...
输入apbs回车,产生以下内容算成功。 (4)下载gmx_mmpbsa.bsh脚本。(链接:https://github.com/Jerkwin/gmxtools/blob/master/gmx_mmpbsa/gmx_mmpbsa.bsh) (5)修改文件内容。 主要包括三个文件xtc,tpr,ndx。三个组(如果有重复组名会报错,可自行用gromacs命令gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx删除或者自...
gmx_MMPBSA它计算的时候，会调用index.ndx文件，例如计算结合能的时候，你选择蛋白质和配体的index，它...
关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体 当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算能够帮助研究人员更深层次的理解相关...
通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能 关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体 当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确...
在PowerShell中输入gmx，成功后会显示相关信息。步骤二：小分子文件准备（Sobtop软件）访问Sobtop官网获取使用说明：Sobtop (sobereva.com)。下载解压后，双击sobtop.ex运行，按照提示操作。步骤三：MMPBSA计算（使用apbs脚本）安装APBS 3.0（Windows版本），链接：github.com/Electrostati...配置环境变量，...
这个近期发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算 h...
Here are 184 public repositories matching this topic... Language:All Sort:Most stars Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA Sponsor Star229 gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files. ...
gmx_MMPBSA: A New Tool to Perform End-State Free Energy Calculations with GROMACS 作者:Valdes-Tresanco, Mario S.; Valdes-Tresanco, Mario E.; Valiente, Pedro A.; Moreno, Ernesto* 来源:Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17(10): 6281-6291. ...