经过多年的发展,MMPBSA方法目前被广泛应用在计算结合能上,并表现出较高的准确性。计算流程如下 通过gmx grompp和mdrun命令计算得到最后的轨迹和相关文件,如md.tpr、md.xtc、index.ndx等文件 图1 计算结合能所需文件 产生最终需要计算能量的轨迹(只包括计算项,去除溶剂或离子),并在index文件中更改和明确二者名字(...
conda create -n gmx_mmpbsa python=3.9 -y -q 并激活环境: conda activate gmx_mmpbsa 然后执行以下命令安装gmx_MMPBSA的最新版本: conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能...
主要工具:gromacs + gmx_mm/pbsa(脚本) + APBS,gromacs在这里的安装就不在赘述了 1.APBS 在unbutun下能直接安装: $ sudo apt install apbs 2.gmx_mm/pbsa脚本:来自哲科文李老师,见文末下载链接 3.7 MtD 1.Metadynamics(MtD)可以使用PLUMED 和Colvars等分子模拟计算自由能的插件,限于篇幅问题下次更新做单独的...
gmx_MMPBSA它计算的时候，会调用index.ndx文件，例如计算结合能的时候，你选择蛋白质和配体的index，它...
conda envcreate-n gmxMMPBSA--file env.yml 进行一波下载……完成后输入如下命令激活环境即可使用: condaactivate gmxMMPBSA 2.2使用pip安装 1)创建虚拟环境: condacreate -n gmxMMPBSA python=3.9 -y -qcondaactivate gmxMMPBSA 2)安装mpi4py和AmberTools ...
gmx_mmpbsa_残基能量分解 大山里的小分子 2570 0 26:22 5: Gmx_mmpbsa_5-用自己的数据算结合能 大山里的小分子 5421 5 1:15:23 GROMACS建模与MD教学 | PACKMOL/MS建模、VMD展示、拓扑文件构建、吸附、解离、聚集模拟,氢键、π-π、密度、粘度、相互作用能 MS杨站长 8168 17 06:34 如何使用...
这个近期发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算 h...
关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体 当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算能够帮助研究人员更深层次的理解相关...
通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能 关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体 当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确...
Bug summary Hi, I am trying to calculate the mmpbsa between a protein and peptide. I used gromacs2023.02 and the pbc was removed from the trajectory. But since the version of gmx_MMPBSA is compatible with Gromacs2020, md_2020.tpr was reg...