命令 (1)gmx pdb2gmx(从库里下载的pdb文件转成gromacs的坐标):-f(输入pdb文件)-o(输出gro文件)-p(输出top文件)-i(输出itp文件)-n(输出ndx)-ignh(舍弃H,系统会自动加上)-ter(肽链两端质子化戴帽子) (2)gmx editconf(建一个盒子,放分子):-f(输入gro文件)-bt(盒子类型,默认立方)-box(x y z 盒子...
根據力場定義修改pdb文件C端的原子名，pdb2gmx時再用-ter選恰當的 terminus type (不同力場定義的cter...
1OMB.pdb (http://www.rcsb.org/pdb/) 2用pdb2gmx 处理 pdb 文件 pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –water spce pdb2gmx此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。 -ignh因为本pdb文件是由 NMR产生的,含有氢原子,因此用-ignh选项忽略文件中的氢原子。
解决的办法要在原始PDB文件中给每一条链添加链标识符,如“A”,“B”等等。(如果26个字母不够用,那就使用数字1到9,然后还可以使用特殊字符,如"$“,”￥“等等)。这样,使用 pdb2gmx 处理PDB文件的时候,就会得到各个链的拓扑文件,如topol_A.itp,topol_B.itp等等,并都被topol.top包含。
在使用Gromacs进行分子动力学模拟的时候,首先一步是将从氨基酸数据库下载得到的PDB文件处理为Gromacs所使用gro文件,使用pdb2gmx可以做到这一点。 pdb2gmx命令的使用时有很多参数,需要细心设定。比如: 1、若希望多肽两端闭合为NH2和COOH,需要在命令后面加上-ter参数,命令执行后会出现选择项,此时可以手动选择多肽两端闭合...
pdb2gmx在判断端基时会出错, 从而导致失败. 也可以使用pdb2gmx的-ter选项手动指定端基, ...
-ter 是这么用嘛“gmx pdb2gmx -ignh -ter -f 151.pdb -o 151.gro -p topol.top”，求指导...
然后进入到1-topol文件加下,开始模拟,使用Gromacs的pdb2gmx命令生成拓扑文件、itp和gro文件。命令如下: gmx pdb2gmx -f ../abeta16-22_hexamer.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -ter <<EOF 1 1 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4
1、GROMACS教程一 Gromacs基本模拟流程31 下载pdb文件32 用pdb2gmx 处理 pdb 文件33 建立盒子35 设置能量最小化46 用grompp程序进行文件处理67 使用 genion 和tpr文件添加离子68 用fws_ion.pdb来产生能量最小化的输入文件69 在后台运行能量最小化(在命令后加&)7二 设置位置限制性动力学模拟7三 设置非限制性...