命令 (1)gmx pdb2gmx(从库里下载的pdb文件转成gromacs的坐标):-f(输入pdb文件)-o(输出gro文件)-p(输出top文件)-i(输出itp文件)-n(输出ndx)-ignh(舍弃H,系统会自动加上)-ter(肽链两端质子化戴帽子) (2)gmx editconf(建一个盒子,放分子):-f(输入gro文件)-bt(盒子类型,默认立方)-box(x y z 盒子...
1OMB.pdb (http://www.rcsb.org/pdb/) 2用pdb2gmx 处理 pdb 文件 pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –water spce pdb2gmx此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。 -ignh因为本pdb文件是由 NMR产生的,含有氢原子,因此用-ignh选项忽略文件中的氢原子。
Gromacs处理amino acid residues小结 在使用Gromacs进行分子动力学模拟的时候,首先一步是将从氨基酸数据库下载得到的PDB文件处理为Gromacs所使用gro文件,使用pdb2gmx可以做到这一点。 pdb2gmx命令的使用时有很多参数,需要细心设定。比如: 1、若希望多肽两端闭合为NH2和COOH,需要在命令后面加上-ter参数,命令执行后会出现...
pdb2gmx在判断端基时会出错, 从而导致失败. 也可以使用pdb2gmx的-ter选项手动指定端基, ...
1.删掉这个原子. 我试了下这个方法,gmx pdb2gmx不再报错,不过这是不是意味着GROMACS把12个溶菌酶视...
然后进入到1-topol文件加下,开始模拟,使用Gromacs的pdb2gmx命令生成拓扑文件、itp和gro文件。命令如下: gmx pdb2gmx -f ../abeta16-22_hexamer.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -ter <<EOF 1 1 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4
1、GROMACS教程一 Gromacs基本模拟流程31 下载pdb文件32 用pdb2gmx 处理 pdb 文件33 建立盒子35 设置能量最小化46 用grompp程序进行文件处理67 使用 genion 和tpr文件添加离子68 用fws_ion.pdb来产生能量最小化的输入文件69 在后台运行能量最小化(在命令后加&)7二 设置位置限制性动力学模拟7三 设置非限制性...
Command line:gmx pdb2gmx -ignh -f 1.pdb -o 1.gro -p 1.top -terSelect the Force Field:...
1下载pdb文件3 2用pdb2gmx处理pdb文件3 3建立盒子3 5设置能量最小化4 6用grompp程序进行文件处理6 7使用genion和tpr文件添加离子6 8用fws_ion.pdb来产生能量最小化的输入文件6 9在后台运行能量最小化（在命令后加&）7 二设置位置限制性动力学模拟7 三设置非限制性动力学模拟9 1如何重启一个计算11 2如何...
解决的办法要在原始PDB文件中给每一条链添加链标识符,如“A”,“B”等等。(如果26个字母不够用,那就使用数字1到9,然后还可以使用特殊字符,如"$“,”￥“等等)。这样,使用 pdb2gmx 处理PDB文件的时候,就会得到各个链的拓扑文件,如topol_A.itp,topol_B.itp等等,并都被topol.top包含。