pdb2gmx读入力场文件,根据坐标文件建立分子系统的拓扑; -water 指定使用的水模型,使用pdb2gmx的时候最好加这个参数,不然后面会吃苦头。它会提前在拓扑文件中添加水分子模型文件; -ff 指定力场文件(下文讨论),也可以不用这个参数,再自行选择; -ignh 舍弃分子文件中的H原子,因为H原子命名规则多,有的力场不认; -...
这一步结束后,需要将covalent.gro用VMD打开,观察共价配体和相邻两个残基之间的位置,由于我们的共价配体是“外来物种”,gmx-pdb2gmx没有自动生成残基MOL与Gly、Leu的共价键的成键信息(键长、键角和二面角),因此可视化界面展示出来的是一段虚线,需要手动补充化学键相关参数。 在VMD中选择pick模式,点击MOL与GLY、LEU相...
溶剂化的体系包含了一个带电荷的蛋白，如果大家注意了pdb2gmx模块的输出结果，可以看到蛋白质带有+8e的净电荷。分子动力学模拟通常是在电中性的条件下进行的，因此我们需要在体系中添加抗衡离子，来使体系处于中性电荷的状态。添加抗衡离子需要两步，第一步需要一个“ions.mdp”的参数文件，本例中使用的“ions.mdp...
gmx pdb2gmx -f input.pdb -o input.gro -water spce 1. -f参数用来指定输入的pdb文件(可以是其他格式的结构文件),该pdb文件中的原子类型要与力场中的原子类型要一致,假如存在力场中不存在的原子,那么命令执行会失败。比如我利用Discovery Studio构建的抗体的pdb模型,加了H原子之后,利用gmx pdb2gmx命令就失败...
输入的指令如下：pdb2gmx -f PPL-modified.pdb -o PPL-modified.gro -p PPL-modified.top -i PPL...
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all 此时会出现如下选择力场的提示: Select the Force...
gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 2、加模拟盒子,溶剂层厚度为0.8nm。 gmx editconf -bt ( boxtype: 做三个盒子的对比cubic/triclinic/dodecahedron ), -d 0.8 , 比较三种类型的盒子水分子数目差别。
gmx pdb2gmx -f ../abeta16-22_hexamer.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -ter <<EOF 1 1 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4 EOF 参数详解: -f:读取输入结构文件abeta16-22_hexamer . pdb -o和-p:编写输出结构文件Protein.gro和系统拓扑文件t...
主要 使用命令:gmx pdb2gmx;gmx editconf;gmx solvate;gmx grompp;gmx genion ;gmx mdrun;gmx trjconv;gmx rms;gmx make_ndx 各文件内容: pdb:分子坐标 gro:坐标、速度 top:包含itp的参数,原子、键角、键长等信息 mdp:运行参数文件,如:步长、时间、nvt、npt参数、最小化方法等等都在此文件中。