pdb2gmx读入力场文件,根据坐标文件建立分子系统的拓扑; -water 指定使用的水模型,使用pdb2gmx的时候最好加这个参数,不然后面会吃苦头。它会提前在拓扑文件中添加水分子模型文件; -ff 指定力场文件(下文讨论),也可以不用这个参数,再自行选择; -ignh 舍弃分子文件中的H原子,因为H原子命名规则多,有的力场不认; -...
首先需要选择要用的原子类型。(这里有多种原子类型可选,一般如果做独立体系我会直接选择2使用 gaff+UFF,但是由于此处我们需要的是生成 rtp 文件,后面pdb2gmx还要用到它,且残基会与其他残基成键,此时如果直接用 gaff 的话,后面成键参数的处理会比较麻烦。所以如果不是做独立体系,而是要为蛋白/多肽中的一个残基生...
-water 指定使用的水模型,使用pdb2gmx的时候最好加这个参数,不然后面会吃苦头。它会提前在拓扑文件中添加水分子模型文件; -ff 指定力场文件(下文讨论),也可以不用这个参数,再自行选择; -ignh 舍弃分子文件中的H原子,因为H原子命名规则多,有的力场不认; -his 独个指定HIS残基的质子化位置。 其他的参数还不少...
输入的指令如下：pdb2gmx -f PPL-modified.pdb -o PPL-modified.gro -p PPL-modified.top -i PPL...
gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce -ignh 其中“-f”指定坐标文件；“-o”输出文件；“-water”指定使用的水模型，本例中使用SPC/E模型的水；“-ignh”设置忽略PDB文件中的氢原子。此时会出现选择力场选择的提示，如下：1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 （Duan et...
FF.dat:GMX默认力场列表,即pdb2gmx处理PDB文件时可以选择的立场列表。增加新的力场,可以编辑该文件,并修改文件第一行的整数,使其与力场种类数目一致。 specbond.dat:GMX处理特殊化学键的文件,特殊化学键包括二硫键,血红素铁原子于其他原子成键等。该文件第一行指明特殊键对的数目,第二行开始即为各个特殊键对的信...
CGenFF 下载最新的gromacs力场,我下载的是charmm36-jul2020 处理蛋白 gmx pdb2gmx -f clean.pdb -o processed.gro -ignh 处理小分子 首先要准备好小分子的mol2文件,氢原子必须都加上(可以用pymol直接生成)。要保证mol2文件里的残基名称是一致的。然后将准备好的mol2文件上传到cgenff网站生成str文件。
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all 此时会出现如下选择力场的提示: Select the Force...
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all ...
如果此时使用gmx pdb2gmx -f AA.pdb -o AA.gro命令来建立力场时,会发现gromacs无法识别小分子并产生相关的力场。在此我们介绍一种生成力场的工具:CGenFF(https://cgenff.umaryland.edu/),我们可以通过该网站提供的工具产生mol2文件。其中要注意的是生成力场是一定要对配体把缺失的H原子补上,以生成准确的全...