其他的参数还不少,可以好好看一个pdb2gmx的帮助文件,一般的pdb2gmx的执行格式如下(假设你的分子坐标文件为sen.pdb): pdb2gmx -f sen.pdb -o sen.gro -p sen.top -water tip4p -ignh -his 该命令读入分子文件,使用tipp水模型,等等,然后pdb2gmx会让你选择力场文件。然后它就很聪明的帮你建立初始模拟系统...
使用“pdb2gmx -h”可以得到pdb2gmx的所有参数及简单说明(gromacs的任何命令都可以使用-h参数得到类似帮助)。pdb2gmx的参数很多,但是常用的只有以下几个: -f 指定你的坐标文件,可以是pdb、gro、tpr等等包含有分子坐标的文件; -o 输出文件,也就是处理过的分子坐标文件,同样可以是pdb、gro、g96等文件类型; -p ...
在gromacs中输入结构文件格式:gro g96 pdb brk ent esp tpr gromacs基本文件-拓扑文件 TOP文件模拟系统的拓扑文件(.top)。分子拓扑文件,包含所有的力场参数。由程序 pdb2gmx 生成。pdb2gmx 程序将肽或者蛋白质的结构文件(.pdb) 转换为分子拓扑文件(.top)。这个拓扑文件包含了在肽或者蛋白质中所有交互作用的完整...
02产生拓扑文件 下面我们需要使用pdb2gmx模块产生拓扑文件。在工作目录中打开命令窗口，输入以下命令：gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce -ignh 其中“-f”指定坐标文件；“-o”输出文件；“-water”指定使用的水模型，本例中使用SPC/E模型的水；“-ignh”设置忽略PDB文件中...
在gromacs中输入结构文件格式:gro g96 pdb brk ent esp tpr gromacs基本文件-拓扑文件 TOP文件模拟系统的拓扑文件(.top)。分子拓扑文件,包含所有的力场参数。由程序 pdb2gmx 生成。pdb2gmx 程序将肽或者蛋白质的结构文件(.pdb) 转换为分子拓扑文件(.top)。这个拓扑文件包含了在肽或者蛋白质中所有交互作用的完整...
主要 使用命令:gmx pdb2gmx;gmx editconf;gmx solvate;gmx grompp;gmx genion ;gmx mdrun;gmx trjconv;gmx rms;gmx make_ndx 各文件内容: pdb:分子坐标 gro:坐标、速度 top:包含itp的参数,原子、键角、键长等信息 mdp:运行参数文件,如:步长、时间、nvt、npt参数、最小化方法等等都在此文件中。
输入的指令如下：pdb2gmx -f PPL-modified.pdb -o PPL-modified.gro -p PPL-modified.top -i PPL...
gmx pdb2gmx -f CCM.B99990002.pdb -o conf.gro -p topol.top 选择力场和溶剂模型后出现如下屏幕回显(部分): Step2:加盒子。输入如下命令:分别加三个模拟盒子,比较三种类型的盒子水分子数目差别 gmx editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o cubic_out.gro ...
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all ...
在用gromacs模拟不同ph对蛋白质构像的影响时，使用gmx pdb2gmx -f3npo.pdb -o3npoprocessed.gro -...