各位老师好，当我运行到grompp出现错误Fatal error:number of coordinates in coordinate file (boxw.gro...
输入文件 .gro - GROMACS结构文件,包含分子坐标、速度和其他信息。 .top - 拓扑文件,定义分子系统的拓扑结构。 .mdp - 参数文件,指定分子动力学模拟的参数和选项。 .ndx - 索引文件,定义原子组的集合,用于分析和选择。 输出文件 .trr - 轨迹文件,保存完整的模拟轨迹信息。
posre.itp protein.pdb protein_processed.gro topol.top 04 定义单位盒子并填充溶剂 使用editconf来定义盒子,命令如下: gmx editconf -fprotein_processed.gro -o pro_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic其中-c表示将蛋白质放在盒子中心,-d 1.0表示蛋白质距离盒子边缘至少1埃距离,-bt表示盒子形状为立方体。
这一步结束后,需要将covalent.gro用VMD打开,观察共价配体和相邻两个残基之间的位置,由于我们的共价配体是“外来物种”,gmx-pdb2gmx没有自动生成残基MOL与Gly、Leu的共价键的成键信息(键长、键角和二面角),因此可视化界面展示出来的是一段虚线,需要手动补充化学键相关参数。 在VMD中选择pick模式,点击MOL与GLY、LEU相...
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all 此时会出现如下选择力场的提示: Select the Force ...
然后进入到1-topol文件加下,开始模拟,使用Gromacs的pdb2gmx命令生成拓扑文件、itp和gro文件。命令如下: gmx pdb2gmx -f ../abeta16-22_hexamer.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -ter <<EOF 1 1 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4 3 4
分子结构坐标文件介绍(gro、pdb、mol2等); 拓扑文件简介; 模拟运行文件(mdp)介绍及常用参数设置; 常用模拟指令介绍(pdb2gmx/ editconf/ solvate/ genion/ grompp/ mdrun等)。 第3/4课:生物大分子(蛋白和核酸)模拟 讲解生物大分子模拟流程:结构文件获取与检查,模拟体系的搭建、能量极小化、退火、平衡模拟; ...
在gromacs中输入gmx pdb2gmx -f hupisu.pdb -o hupisu.gro -water spce ，选择CHARMM27力场，出现...
out=!{"gmx pdb2gmx -f fws.pdb -ignh -o fws_processed.gro -water spce <<EOF\n14\nEOF"} 定义单位盒子并填充溶剂 教程中是需要模拟一个简单的水溶液分子,定义模拟用的盒子并添加溶剂分为两步完成: 1.使用editconf模块定义盒子的尺寸 2.使用solvate模块想盒子中填充水 ...
下面我们需要使用pdb2gmx模块产生拓扑文件。在工作目录中打开命令窗口，输入以下命令：gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce -ignh 其中“-f”指定坐标文件；“-o”输出文件；“-water”指定使用的水模型，本例中使用SPC/E模型的水；“-ignh”设置忽略PDB文件中的氢原子。此时...