当运行gromacs的时候，对象是蛋白蛋白复合物，目的是进行gmx_MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md...
第一次使用gromacs，按照教程在使用gmx pdb2gmx -f 1aki.pdb -o 1aki.gro -water spce 命令以后不...
gmxpdb2gmx-fXXXX_peptide.pdb-oXXXX_peptide.gro-ignh 这样, 使用新生成的这个文件来创建索引文件, 这样我们可以进行更多的选择. 在这一步, 与前面不同, 我们不需要指定任何特定的残基组, 因此, 我们简单地推出程序(键入q) echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx 现在我们...
2楼:Originally posted by小木翔AIat 2020-03-06 13:23:19 没有修改环境变量 已经解决了，谢谢。发...
pdb2gmx –ignh –ff oplsaa –f ethanol.pdb –o e.pdb –p e.top 但是总是提示错误：Source ...
gmxgenrestr- 生成索引组的位置限制或距离限制 gmxpdb2gmx- 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件 1.2 文件转换 gmxeditconf- 转换和操控结构文件 gmxeneconv - 转换能量文件 gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来 ...
residue XXX not found in residue topology detabase for XXX. 一般都意味着你在运行pdb2gmx时选择的...
) 3 Visualize the starting structure with VMD In your directory, type: vmd fbp.pdb (play with it, colored by secondary structures and shown by NewCartoon) 4 Generate topology file from PDB pdb2gmx -f fbp.pdb -o fbp.gro -i posre.itp -p fbp.top -ignh -nice 0 Choose amber03 force...
/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/01_pdb2gmx.html2. http:/verahill.blogspot.nl/2012/01/gromacs-carbon-dioxide-in-water-example.html3. &# 22、160; http:/www3.mpibpc.mpg.de/groups/grubmueller/start/compbio/p2/科研笔记3:Gromacs对于MD的问题综述问题1:在npt系综运算完后,一定要进行...
gmxpdb2gmx-fXXXX_peptide.pdb-oXXXX_peptide.gro-ignh 这样, 使用新生成的这个文件来创建索引文件, 这样我们可以进行更多的选择. 在这一步, 与前面不同, 我们不需要指定任何特定的残基组, 因此, 我们简单地推出程序(键入q) echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx ...