第一次使用gromacs，按照教程在使用gmx pdb2gmx -f 1aki.pdb -o 1aki.gro -water spce 命令以后不...
当运行gromacs的时候，对象是蛋白蛋白复合物，目的是进行gmx_MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md...
1.http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/01_pdb2gmx.html 2.http://verahill.blogspot.nl/2012/01/gromacs-carbon-dioxide-in-water-example.html 3.http://www3.mpibpc.mpg.de/groups/grubmueller/start/compbio/p2/ 科研笔记3:Gromacs对于MD的问题综述 问题1...
2楼:Originally posted by小木翔AIat 2020-03-06 13:23:19 没有修改环境变量 已经解决了，谢谢。发...
residue XXX not found in residue topology detabase for XXX. 一般都意味着你在运行pdb2gmx时选择的...
/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/01_pdb2gmx.html2. http:/verahill.blogspot.nl/2012/01/gromacs-carbon-dioxide-in-water-example.html3. &# 22、160; http:/www3.mpibpc.mpg.de/groups/grubmueller/start/compbio/p2/科研笔记3:Gromacs对于MD的问题综述问题1:在npt系综运算完后,一定要进行...
初学gromacs，想用gromacs和orca做QM/MM。我的情况是：先用其他软件得到出初始构型，然后只用gromacs+orca...
gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引组的位置限制或距离限制 gmxpdb2gmx- 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件 1.2 文件转换 gmxeditconf- 转换和操控结构文件 gmxeneconv - 转换能量文件 gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来...
gmxpdb2gmx-fXXXX_peptide.pdb-oXXXX_peptide.gro-ignh 这样, 使用新生成的这个文件来创建索引文件, 这样我们可以进行更多的选择. 在这一步, 与前面不同, 我们不需要指定任何特定的残基组, 因此, 我们简单地推出程序(键入q) echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx ...
gmxpdb2gmx-fprotein.pdb-oprotein.gro-pprotein.top-ignh-ter 注意, 你可以使用下面的命令将gro文件和pdb文件进行互换 gmxeditconf-fXXXXX.gro-oXXXXX.pdb 仔细阅读屏幕输出的提示, 并检查组氨酸质子化状态所做的选择, 注意蛋白质的总电荷数. 也要浏览输入结构的文件(protein.pdb)和输出的结构文件(protein.gro...