当运行gromacs的时候，对象是蛋白蛋白复合物，目的是进行gmx_MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md...
我首先在PRODRG server 中生成了乙醇分子的PDB文件，其实PRODRG server 也同时生成了乙醇在Gromos96力场下...
RT，在gmx pdb2gmx命令中使用由gaussview生成的pdb文件出现了错误，好像是第四列（每种内容视为一列的...
在不同轨迹中, 你是否对多肽的结合构象进行了采样? 对你研究的情况, 关于对蛋白多肽识别的构型采样假说你能得出什么结论? 8. 自由能形貌图 本分析的最后一步是计算自由能形貌(FEL, free energy landscape), 它由不同多肽构象开始的轨迹采样所得. 除了看起来很酷以外, 它能显示出 在整个模拟过程中多肽所经历的...
1. 建模和计算操作命令: 1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 ...
2020-03-06 13:23:19 没有修改环境变量 已经解决了，谢谢。发自小木虫Android客户端 ...
residue XXX not found in residue topology detabase for XXX. 一般都意味着你在运行pdb2gmx时选择的...
1、科研笔记1:Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法,其实大部分都已经过时,这里专述一文,帮助大家入门。第一步:下载最新版本的Gromacs软件包,比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意:由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本...
gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files. - gmx_MMPBSA/docs/getting-started.md at master · Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(拓扑文件)三个结合生成一个二进制文件em.tpr。粗浅来看,这是我认为Gromacs比NAMD厉害的地方。运算由于读取二进制文件,所以速度极快。然后就开始运...