-ignh 舍弃分子文件中的H原子,因为H原子命名规则多,有的力场不认; -his 独个指定HIS残基的质子化位置。 其他的参数还不少,可以好好看一个pdb2gmx的帮助文件,一般的pdb2gmx的执行格式如下(假设你的分子坐标文件为sen.pdb): pdb2gmx -f sen.pdb -o sen.gro -p sen.top -water tip4p -ignh -his 该...
H H 0.391 1 C C 0.493 1 O O -0.565 1 CG CH2 0.071...
Q4 opls_153 ;H in RCH2CL in alkyl chlorides Q5 opls_68 ;CH3 (C2) N-ALKANES [...