当运行gromacs的时候，对象是蛋白蛋白复合物，目的是进行gmx_MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md...
第一次使用gromacs，按照教程在使用gmx pdb2gmx -f 1aki.pdb -o 1aki.gro -water spce 命令以后不...
我的做法是把PRODRG server 中生成了乙醇分子的PDB文件放在主目录下运行 pdb2gmx –ignh –ff oplsaa...
residue XXX not found in residue topology detabase for XXX. 一般都意味着你在运行pdb2gmx时选择的...
/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/01_pdb2gmx.html2. http:/verahill.blogspot.nl/2012/01/gromacs-carbon-dioxide-in-water-example.html3. &# 22、160; http:/www3.mpibpc.mpg.de/groups/grubmueller/start/compbio/p2/科研笔记3:Gromacs对于MD的问题综述问题1:在npt系综运算完后,一定要进行...
1.http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/01_pdb2gmx.html 2.http://verahill.blogspot.nl/2012/01/gromacs-carbon-dioxide-in-water-example.html 3.http://www3.mpibpc.mpg.de/groups/grubmueller/start/compbio/p2/ 科研笔记3:Gromacs对于MD的问题综述 问题1...
CHARMM tpr,pdb ndx xtc,trr,pdb Always Optional No Usage Running # mmpbsa.in输入文件的创建见下文 mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md.xtc -cp topol.top or gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 ...
我的做法则更简单,只需通过GROMACS的gmx trjconv命令将轨迹转为通用的PDB文件。这样做,原理上是一样,只是生成的PDB文件巨大,要有较大的存储空间。这个思路是非常自然的。但直到去年,才有人基于Amber开发出一款名为gmx_MMPBSA的自动化程序【5...
简单地讲, 对GROMACS而言, 所谓非标准残基就是指pdb2gmx不能识别的化学基团, 或者说是GROMACS的残基数据库中没有对应数据的化学基团. 为了使pdb2gmx能够识别新定义的残基, 并进而正确处理, 我们首先要将新残基的名称添加到/GMX安装路径/share/gromacs/top/residuetypes.dat文件中, 并指定新残基的类型. 浏览下此...
第一步:使用Avogadro记件建一构个CO2.pdb。如下所示。如果不使用会Avogadro记件的,可以 究程研教http://avogadro.cc/wiki/Category:Tutorials,记里不再记述。记建完之后如记1所示。 记1:CO2.pdb的脚本 注意:不要意去修改随pdb的格式,他的格式每列都是有特殊含记的。文本.pdb的坐记记位是angstrom, ...