RT，在gmx pdb2gmx命令中使用由gaussview生成的pdb文件出现了错误，好像是第四列（每种内容视为一列的...
第一次使用gromacs，按照教程在使用gmx pdb2gmx -f 1aki.pdb -o 1aki.gro -water spce 命令以后不...
N-H序参量可以用chi命令计算. 这个程序可以写出一个.pdb文件, 把序参量加入了b因子列, 更容易查看. 该程序也计算J耦合参数, 并可以和NMR结果相比较, 或用于指导NMR实验. gmxchi-s-f-oorder-parameters.xvg-porder-parameters.pdb-jcJcoupling.xvg 看看.xvg文件中的序参量, 并用PyMOL查看.pdb文件, 根据b因子...
residue XXX not found in residue topology detabase for XXX. 一般都意味着你在运行pdb2gmx时选择的...
gmxpdb2gmx-fXXXX_peptide.pdb-oXXXX_peptide.gro-ignh 这样, 使用新生成的这个文件来创建索引文件, 这样我们可以进行更多的选择. 在这一步, 与前面不同, 我们不需要指定任何特定的残基组, 因此, 我们简单地推出程序(键入q) echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx ...
当运行gromacs的时候，对象是蛋白蛋白复合物，目的是进行gmx_MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md...
第一次使用gromacs，按照教程在使用gmx pdb2gmx -f 1aki.pdb -o 1aki.gro -water spce 命令以后不...