MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md_0_1.tpr -p topol.top -water spce -ignh 命令后...
gmxgenrestr- 生成索引组的位置限制或距离限制 gmxpdb2gmx- 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件 1.2 文件转换 gmxeditconf- 转换和操控结构文件 gmxeneconv - 转换能量文件 gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来 gmxtrjcat- 连接轨迹文件 gmxtrjconv- 转换和...
RT，在gmx pdb2gmx命令中使用由gaussview生成的pdb文件出现了错误，好像是第四列（每种内容视为一列的...
Residue'DRG' not found in residue topology database 还有我改用G43a1力场也就是这个命令pdb2gmx –...
gmxpdb2gmx-fXXXX_peptide.pdb-oXXXX_peptide.gro-ignh 这样, 使用新生成的这个文件来创建索引文件, 这样我们可以进行更多的选择. 在这一步, 与前面不同, 我们不需要指定任何特定的残基组, 因此, 我们简单地推出程序(键入q) echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx ...
2楼:Originally posted by小木翔AIat 2020-03-06 13:23:19 没有修改环境变量 已经解决了，谢谢。发...
gmxpdb2gmx-fprotein.pdb-oprotein.gro-pprotein.top-ignh-ter 注意, 你可以使用下面的命令将gro文件和pdb文件进行互换 gmxeditconf-fXXXXX.gro-oXXXXX.pdb 仔细阅读屏幕输出的提示, 并检查组氨酸质子化状态所做的选择, 注意蛋白质的总电荷数. 也要浏览输入结构的文件(protein.pdb)和输出的结构文件(protein.gro...
CHARMM tpr,pdb ndx xtc,trr,pdb Always Optional No Usage Running # mmpbsa.in输入文件的创建见下文 mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md.xtc -cp topol.top or gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 ...
我的做法则更简单,只需通过GROMACS的gmx trjconv命令将轨迹转为通用的PDB文件。这样做,原理上是一样,只是生成的PDB文件巨大,要有较大的存储空间。这个思路是非常自然的。但直到去年,才有人基于Amber开发出一款名为gmx_MMPBSA的自动化程序【5...