mri_cc -aseg aseg.auto_noCCseg.mgz -o aseg.auto.mgz CON14 将皮质下结构基于 GCA 模型进行贴签处理。生成文件 mri/aseg.auto.mgz and mri/aseg.mgz. 12. ASeg 统计 基于皮质下分割结构计算统计量,结果存在 stats/aseg.stats 文件中。 13. 强度标准化 2 输入: mri/norm.mgz, mri/aseg.mgz, m...
FreeSurfer中的'recon-all'命令用于自动处理脑部MRI,包括了volume水平和surface水平的处理,生成形态学指标文件。当分析需要用到多个指标时,通常会采用该工具包来实现形态学指标的获得。 Freesurfer介绍 具体命令及处理流程 ---以下是具体的命令: recon-all -s <subject_id> -i -all -autorecon1//自动化流程1,阶...
mri_segstats --annot subject_id.lh.aparc.annot --iaseg aseg.mgz --sum aseg.stats 11.查看结果:查看生成的结果文件aseg.stats,其中包含了各个丘脑核团的体积和其他统计信息。 5. 结果解释 根据上述步骤运行完丘脑核团分割指令后,我们可以得到一个包含各个丘脑核团统计信息的结果文件aseg.stats。该文件使用...
使用Destrieux Atlas时,可分割出58个脑区,保存在bert/label/*h.aparc.a2009s.annot文件中。两中方法分割的统计信息保存在bert/stats中如:*h.aparc.stats和*h.aparc.a2009s.stats。MRI数据分别保存为bert/mri/aparc.DKTatlas+aseg.mgz以及bert/mri/aparc.a2009s+aseg.mgz,除此之外还有一个bert/mri/aparc+a...
5) Run mri_segstats, using the subject-ROI surface, to get the thickness data for your ROI. cd $SUBJECTS_DIR/cyh/surf mri_segstats \ --seg $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.fsaverage.17.mgh \ --in lh.thickness.fsaverage.mgh \ --sum segstats-17.txt [caiyonghua-ThinkPad:/media/8498B...
两中方法分割的统计信息保存在bert/stats中如:*h.aparc.stats和*h.aparc.a2009s.stats。MRI数据分别保存为bert/mri/aparc.DKTatlas+aseg.mgz以及bert/mri/aparc.a2009s+aseg.mgz,除此之外还有一个bert/mri/aparc+aseg.mgz。 统计信息表现为下图,StructName表示结构名,NumVert表示结构中包含的顶点数,SurfArea...
ASeg Stats (-<no>segstats) Computes statistics on the segmented subcortical structures found in mri/aseg.mgz. Writes output to file stats/aseg.stats. Normalization2 (-<no>normalization) Performs a second (major) intensity correction using only the brain volume as the input (so that it has ...
volume处理的结果放在mri文件夹下,surface处理的结果放在surf文件夹下,label文件夹中存放分区和标签文件,stats文件夹存放各个分区的结构指标的统计值。 最终的分割数据被存放在bert/mri/aseg.mgz中,使用命令mri_extract_label aseg.mgz 17 53 hippo_mask.mgz可以将海马区的数据提取出来,其中17 53分别为左右海马区 ...
5) Run mri_segstats, using the subject-ROI surface, to get the thickness data for your ROI. cd $SUBJECTS_DIR/cyh/surf mri_segstats \ --seg $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.fsaverage.17.mgh \ --in lh.thickness.fsaverage.mgh \ --sum segstats-17.txt [caiyonghua-ThinkPad:/media/8498B...
mri_add_xform_to_header mri_and mri_annotation2label mri_aparc2aseg mri_aparc2wmseg mri_average mri_bias mri_binarize mri_brainvol_stats mri_ca_label mri_ca_normalize mri_ca_register mri_ca_tissue_parms mri_ca_train mri_cal_renormalize_gca mri_cc mri_cnr mri_compile_edits mri_compu...