FreeSurfer 是美国哈佛-麻省理工卫生科学与技术部和马萨诸塞州总医院共同开发的一款磁共振数据处理软件包,是基于Linux平台的全免费开源软件。FreeSurfer 能完成对高分辨率的 MRI 图像进行分割、配准及三维重建,其处理过程主要包含去头骨、B1 偏差场校正、体数据配准、灰白质分割、面数据配准等。FreeSurfer 可以方便地处理...
'mri_convert -c -oc 0 0 0 ' mrfile ' ' [subdir '/tmp.nii'] '; ' ... 'recon-all -i ' [subdir '/tmp.nii'] ' -s ' 'freesurfer' ' -sd ' subdir ' -all']) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. ...
FreeSurfer 是美国哈佛-麻省理工卫生科学与技术部和马萨诸塞州总医院共同开发的一款磁共振数据处理软件包,是基于 Linux 平台的全免费开源软件。FreeSurfer 能完成对高分辨率的 MRI 图像进行分割、配准及三维重建,其处理过程主要包含去头骨、B1 偏差场校正、体数据配准、灰白质分割、面数据配准等。FreeSurfer 可以方便地...
recon-all命令可以处理原始数据进行脑区分割,改命令使用的文件类型为.mgz/.nii/.nii.gz当文件格式为其他格式时候,可使用命令mri_convert ? ?.nii或者mris_convert ? ?.nii freesurfer中各个脑区对应的索引(皮下组织的索引)可以从$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt文件中查看: 皮层下体积统计信息保存在bert/...
使用mri_convert: mri_convert CON14/mri/rawavg.mgz CON14/mri/orig.mgz --conform 保证遵照的标准是点的大小是 1×1x1mm 而且在 xyz 轴上的数量是一样的。数据写入 orig.mgz 文件中。 当有多个源的时候,这个阶段会对小运动进行更正并且计算平均值。输入项为 mri/orig/XXX.mgz 文件中的体积,输出是 ...
mri_warp_convert.help.xml 90 changes: 54 additions & 36 deletions90mri_warp_convert/mri_warp_convert.cpp Original file line numberDiff line numberDiff line change Expand Up@@ -41,7 +41,8 @@ struct Parameters string in_warp; string out_warp; ...
Set up 2. mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/sample-001.mgz ernie/mri/001.mgz 3. Actual results: mri_convert[7494]: segfault at 0 ip 00000037e092fbda sp 00007fff0eefaaa8 error 4 in libc-2.16.so[37e0800000+1ad000] Expected results: should run and convert sammple-001.mgz ...
mri_cnr mri_compile_edits mri_compute_change_map mri_compute_overlap mri_compute_seg_overlap mri_compute_structure_transforms mri_compute_volume_fractions mri_concat mri_concatenate_gcam mri_concatenate_lta mri_convert mri_convert_mdh mri_copy_values mri_cor2label mri_coreg ...
The mri_convert Freesurfer function will be used for that conversion. Here we will use the T1-weighted image from the “bert” subject and convert it to NIfTI, and read it into R: library(freesurfer) bert_dir = file.path(fs_subj_dir(), "bert") # subject directory t1_mgz = file....
过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 $> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory> # SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目...