**尝试了一下将MIN152空间的group level的数据变换到fsaverage空间,用的命令同样是mri_vol2surf。过程中如果出现voxel size的warnning可用3dresample可以解决。 不过效果一般,至少直接在group level上做是不好的。理想的做法是先在个体上做变换,然后得到在surface上操作得到group level的结果,应该就能得到比较好的coverage...
subjID/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \%分割图像,定义了colormap和透明度 -f \%-f用于打开surface图像 subjID/surf/lh.white:edgecolor=blue \%左侧白质分割 subjID/surf/lh.pial:edgecolor=red \%左侧灰质外表面 subjID/surf/rh.white:edgecolor=blue \%右侧白质分割 subjID/surf/rh.pial:edgeco...
mri_vol2surf \ --mov /media/8498B05D98B05002/DATA/fs-cyh/cyh/surf/17.nii \ --reg cyh02_to_fsaverage.dat \ --projdist-max 0 1 0.1 \ --interp nearest \ --hemi lh \ --out lh.fsaverage.17.mgh \ --rf 6 --reshape --reshape It is a good idea to view your ROI on the ...
mri_vol2surf mri_vol2vol mri_volcluster mri_voldiff mri_volsynth mri_warp_convert mri_watershed mri_wbc mri_xvolavg mri_z2p mris2rgb mris_BA_segment mris_anatomical_stats mris_annot_diff mris_annot_to_segmentation mris_apply_reg mris_average_curvature mris_ca_label mris_ca_train mri...
mri_vol2surf \ --mov /media/8498B05D98B05002/DATA/fs-cyh/cyh/surf/17.nii \ --reg cyh02_to_fsaverage.dat \ --projdist-max 0 1 0.1 \ --interp nearest \ --hemi lh \ --out lh.fsaverage.17.mgh \ --rf 6 --reshape --reshape It is a good idea to view your ROI on the ...
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good_output/mri/T1.mgz \ //T1.mgz是采用加权值处理的volume good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ //aseg.mgz是皮下分割的volume -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ ...
统计信息表现为下图,StructName表示结构名,NumVert表示结构中包含的顶点数,SurfArea表示表面积,GrayVol表示灰质体积,ThickAvg/ThickStd表示结构厚度的均值与标准差,MeanCurv表示平均曲率,GausCurv表示平均高斯曲率,FoldInd表示折叠指数,CurvInd表示曲率指数。 最终的分割数据保存在bert/mri/aseg.mgz中,比如使用命令mri_ext...
-autorecon2-wm 处理流程 15-23 -autorecon2-pial 处理流程 21-23 -autorecon3 处理流程 24-31 -hemi ?h 用参数声明仅处理 lh 还是 rh (默认都处理) 3) 31 个阶段详细说明 01. 运动校正与确认: 输入文件: mri/orig/00?.mgz 输出文件: mri/orig.mgz (mri/rawavg.mgz) ...
MRI数据分别保存为bert/mri/aparc.DKTatlas+aseg.mgz 以及bert/mri/aparc.a2009s+aseg.mgz,除此之外还有一个bert/mri/aparc+aseg.mgz。 统计信息表现为下图,StructName表示结构名,NumVert表示结构中包含的顶点数,SurfArea表示表面积,GrayVol表示灰质体积,ThickAvg/...