除了把ROI变换到数据空间,然后提取数据。**是否可以把数据变换到ROI所在空间,进行提取呢?**尝试了一下将MIN152空间的group level的数据变换到fsaverage空间,用的命令同样是mri_vol2surf。过程中如果出现voxel size的warnning可用3dresample可以解决。不过效果一般,至少直接在group level上做是不好的。理想的做法是先在...
mri_surf2surf --hemi lh \ --s fsaverage \ --sval lh.gender_age.thickness.00.mgh \ --fwhm 10 \ --cortex \ --tval lh.gender_age.thickness.10B.mgh 1) 平滑用到的是10mm FWHM ; 2) "--cortex" 意味着只有皮质的平滑部位(排除内侧壁)。Qcache可以自动处理。也可以指定其他标签; 3) 输...
可以用mri_info lh.thickness.00.mgz查看文件信息,如是不是有6个被试等。 mris_surf2surf --hemi lh --s fsaverage --sval lh.thickness.00.mgz --\fwhm 10 --cortex --tval lh.thickness.10.mgz mris_surf2surf --hemi rh --s fsaverage --sval rh.thickness.00.mgz --\fwhm 10 --cortex ...
mris_surf2surf -—hemi rh -—s fsaverage --sval 。mgz ——\fwhm 10 ——cortex -—tval rh。thickness。生成的文件lh。。mgz和rh。thickness。。可以用mri_info命令察看数据信息。下一步就要进行数据统计,在进行数据统计之前,我们还要做一些准备,,总体被试的皮层厚度与年龄的...
Function MRI FreeSurfer功能分析流(FS-FAST):FS-FAST是一套用于对皮层表面进行功能MRI数据分析的工具。 Diffusion MRI *受下层解剖学约束的牵引(TRACULA):TRACULA是一种具有解剖先验的自动全局概率牵引成像工具。它通过结合每个通路经过或旁边的结构分割标签上的先验信息,作为通路长度上位置的函数,重建了一组主要的白质...
mri_surf2surf mri_surf2vol mri_surfacemask mri_surfcluster mri_synthesize mri_tessellate mri_threshold mri_topologycorrection mri_train mri_train_autoencoder mri_transform mri_transform_to_COR mri_twoclass mri_update_gca mri_vol2roi mri_vol2surf mri_vol2vol mri_volcl...
good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/rh.pial:edgecolor=red 然后可以看到这样一个界面: ...
可以用mri_info lh.thickness.00.mgz查看文件信息,如是不是有6个被试等。mris_surf2surf --hemi lh --s fsaverage --sval lh.thickness.00.mgz --\fwhm 10 --cortex?--tval lh.thickness.10.mgzmris_surf2surf ?--hemi?rh?--s fsaverage --sval rh.thickness.00.mgz --\fwhm 10 --cortex?-...
mri_surf2surf \ --s cyh \ --trgsubject fsaverage \ --hemi lh \ --sval lh.thickness \ --tval lh.thickness.fsaverage.mgh \ --reshape-factor 7 --reshape replacing '--reshape' with '--rf 6' Note:Use{{{--reshape-factor 7"}}}instead of the reshape flag if the dimensions of the...
6.脑部分割:使用FreeSurfer的自动脑部分割工具(recon-all)对MRI图像进行脑部分割,生成大脑皮层和次皮层的表面模型。 recon-all -i input.nii.gz -subjid subject_id -all 7.注册到标准空间:将脑部分割后的表面模型注册到MNI标准空间,以便进行后续的丘脑核团分割。 mri_surf2surf --srcsubject subject_id --trg...