首先,用FreeSurfer的tkregister2命令创建一个名为register.dat的变换矩阵register.dat。其中beta_0001.nii是被试的Volume空间。之后用mri_label2vol将其转到volume空间中,这里用到了之前得到的变换矩阵。后续就是使用mask提取数据的常规操作了。 使用surface-defined atlas提取Volume数据 ...
mri_add_xform_to_header mri_and mri_annotation2label mri_aparc2aseg mri_aparc2wmseg mri_average mri_bias mri_binarize mri_brainvol_stats mri_ca_label mri_ca_normalize mri_ca_register mri_ca_tissue_parms mri_ca_train mri_cal_renormalize_gca mri_cc mri_cnr mri_compile_edits mri_compute_...
mri_em_register -mask brainmask.mgz nu.mgz /usr/local/freesurfer/average/RB_all_2008-03-26.gca transforms/talairach.lta 通过计算变换 mri/nu.mgz 体积到 FREESURFER_HOME/average 默认的 GCA 图集中。(更多内容参见 –gca 标志位)。创建 mri/transforms/talairach.lta 文件。-autorecon2 阶段到此结束。
│ ├── rh.perirhinal_exvivo.label │ ├── rh.perirhinal_exvivo.thresh.label │ ├── rh.V1_exvivo.label │ ├── rh.V1_exvivo.thresh.label │ ├── rh.V2_exvivo.label │ └── rh.V2_exvivo.thresh.label ├── mri │ ├── antsdn.brain.mgz │ ├── aparc.a...
使用Desikan/Killiany Atlas可分为35个脑区,数据保存在bert/label/*h.aparc.annot中。使用Destrieux Atlas时,可分割出58个脑区,保存在bert/label/*h.aparc.a2009s.annot文件中。两中方法分割的统计信息保存在bert/stats中如:*h.aparc.stats和*h.aparc.a2009s.stats。MRI数据分别保存为bert/mri/aparc.DKTatlas...
mri2.h mriBSpline.h mriTransform.h mri_ca_configFile.h mri_ca_gausDist.h mri_ca_labelLUT.h mri_ca_measure.h mri_ca_measureVolume.h mri_ca_sparse2DGausDistMatrix.h mri_ca_sparse2DMatrix.h mri_ca_statisticsVolumeHeader.h mri_ca_trainingParameters.h mri_ca_util.h mri_circulars.h...
mri_label2vol --defects /qmi08_raid/ruifeng/work_with_project_data_T1/clinical_3dresampled-2-RAI/alltogether/uncompressed/testSub_10_0_h/00_test_dicom/cont_10_0_PRISMA_dicom/rerun_FS741/mriconvert2nii_ASR2PSR_reorientimage3d/surf/lh.orig.nofix ...
使用Destrieux Atlas时,可分割出58个脑区,保存在bert/label/*h.aparc.a2009s.annot文件中。两中方法分割的统计信息保存在bert/stats中如:*h.aparc.stats和*h.aparc.a2009s.stats。MRI数据分别保存为bert/mri/aparc.DKTatlas+aseg.mgz ...
2024/04/18Re: [Freesurfer] vertices are -1 when using vol2labelDouglas N. Greve 2024/04/17[Freesurfer] gunzip error in load_mgh.m when file path contains spacesTyler Slouf 2024/04/17Re: [Freesurfer] MRInormFindControlPointsFischl, Bruce R.,PHD ...
mri_vol2surf \ --mov /media/8498B05D98B05002/DATA/fs-cyh/cyh/surf/17.nii \ --reg cyh02_to_fsaverage.dat \ --projdist-max 0 1 0.1 \ --interp nearest \ --hemi lh \ --out lh.fsaverage.17.mgh \ --rf 6 --reshape --reshape It is a good idea to view your ROI on the ...