FreeSurfer中的'recon-all'命令用于自动处理脑部MRI,包括了volume水平和surface水平的处理,生成形态学指标文件。当分析需要用到多个指标时,通常会采用该工具包来实现形态学指标的获得。 Freesurfer介绍 具体命令及处理流程 ---以下是具体的命令: recon-all -s <subject_id> -i -all -autorecon1//自动化流程1,阶...
mri_cc -aseg aseg.auto_noCCseg.mgz -o aseg.auto.mgz CON14 将皮质下结构基于 GCA 模型进行贴签处理。生成文件 mri/aseg.auto.mgz and mri/aseg.mgz. 12. ASeg 统计 基于皮质下分割结构计算统计量,结果存在 stats/aseg.stats 文件中。 13. 强度标准化 2 输入: mri/norm.mgz, mri/aseg.mgz, m...
mri_segstats --annot subject_id.lh.aparc.annot --iaseg aseg.mgz --sum aseg.stats 11.查看结果:查看生成的结果文件aseg.stats,其中包含了各个丘脑核团的体积和其他统计信息。 5. 结果解释 根据上述步骤运行完丘脑核团分割指令后,我们可以得到一个包含各个丘脑核团统计信息的结果文件aseg.stats。该文件使用...
5) Run mri_segstats, using the subject-ROI surface, to get the thickness data for your ROI. cd $SUBJECTS_DIR/cyh/surf mri_segstats \ --seg $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.fsaverage.17.mgh \ --in lh.thickness.fsaverage.mgh \ --sum segstats-17.txt [caiyonghua-ThinkPad:/media/8498B...
mri_segstats --seg /autofs/space/bee_001/users/Lauri/test10.nosm.group/lh.surf.avg.rh.204/intercept/mc_1.3_3space.sig.ocn.mgh --exclude 0 --i /autofs/space/bee_001/users/Lauri/test10.nosm.group/lh.surf.avg.rh.204.gm.nii.gz ...
volume处理的结果放在mri文件夹下,surface处理的结果放在surf文件夹下,label文件夹中存放分区和标签文件,stats文件夹存放各个分区的结构指标的统计值。 最终的分割数据被存放在bert/mri/aseg.mgz中,使用命令mri_extract_label aseg.mgz 17 53 hippo_mask.mgz可以将海马区的数据提取出来,其中17 53分别为左右海马区 ...
2024/02/21[Freesurfer] Using MRI_segstats to calculate grey matter intensityERNEST KISSI 2024/02/20[Freesurfer] formula calculating percent signal changeTina Zahrie 2024/02/20[Freesurfer] Errors with Recon-allPerumalla, Sucika 2024/02/20[Freesurfer] Grey Matter IntensitiesERNEST KISSI ...
mri_bias mri_binarize mri_brainvol_stats mri_ca_label mri_ca_normalize mri_ca_register mri_ca_tissue_parms mri_ca_train mri_cal_renormalize_gca mri_cc mri_cnr mri_compile_edits mri_compute_change_map mri_compute_overlap mri_compute_seg_overlap mri_compute_volume_fract...
FreeSurfer 能完成对高分辨率的 MRI 图像进行分割、配准及三维重建,其处理过程主要包含去头骨、B1 偏差场校正、体数据配准、灰白质分割、面数据配准等。FreeSurfer 可以方便地处理大脑 MRI 图像,并生成高精度的灰、白质分割面和灰质、脑脊液分割面,根据这两个表面可以计算任何位置的皮质厚度及其他面数据特征如皮质 外表...
ASeg Stats (-<no>segstats) Computes statistics on the segmented subcortical structures found in mri/aseg.mgz. Writes output to file stats/aseg.stats. Normalization2 (-<no>normalization) Performs a second (major) intensity correction using only the brain volume as the input (so that it has ...