fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显示进程 -e 24使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。 2.1 fasterq-dump参数模式: fasterq-dump 2.2 --split-3 split-3 2.3 --split-spot split-spot split-spot, include technical 2.4 --split-files split-file...
fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: 1.--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 2.--split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的...
1. fastq-dump --stdout --split-spot /path/to/SRR8206319.sra | head 2. fastq-dump -X 1 ...
fastq-dump --split-files XXXX.sra 双端测序--split-spot:将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 fastq-dump --split-spot XXXX.sra 单端测序 fastq-dump XXXX.sra 需要进行trinity de novo组装的转录组数据,否则后续在组装阶段会报错 fastq-dump --defline-seq '@ ...
默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: --split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而...
fastq-dump 报错 解决方案 命令行: ~/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2/bin/fastq-dump --split-spot --gzip xxxx.sra 报错信息: fastq-dump.2.3.2err:name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'xxxx.sra'...
默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: --split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而...
是的，一般使用 --split-3 将SRA文件的数据拆成对应的read1和read2 Usage:fastq-dump[options] <...
hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/down/data/SRA$ ../../code/sratoolkit.2.5.5-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-spot SRR002664 Read 487522 spots for SRR002664 Written 487522 spots for SRR002664 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/down/data/SRA$ ll ...