fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra --gzip:输出gz格式压缩文件,节省空间,稍微多费点时间 -O ${directory}:设置输出的文件间路径,outdirectory改为相应路径 --split-3:不知道sra是单端还是双端,默认使用--split-3 常见的参数有三类: --split-spot: Split spots into individu...
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra # 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040 # 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25...
fasterq-dump--split-3-e20*.sra 但是我发现这样实际上是调用不到多线程的?但是有时任务不急就没管,不过现在要弄接近一百个文件,每个解压缩后都很大,所以不得不看帮助文档了 Usage:fasterq-dump[options][accessions(s)...]Parameters:accessions(s)listof accessions to process Options:-o|--outfile<path>ful...
SRR3156163.sra SRR3156164.sra [b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s...
parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip、--split-3等): 二、各命令处理SRA文件用时比较 1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump (非--gzip模式) 用时:1m49s ...
虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@ac−si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra# 加上--gzip后需要时间进行文件压缩当然除了参数问题,还有一个让人诟病的地方就是他只能单个线程...
parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快的 大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案 ...
I downloaded sra-tools from conda through the command: conda install -c bioconda/label/cf201901 sra-tools I'm running the following code: fasterq-dump --split-files SRR11180057 I have created a separate environment solely for sra-tools, ...
github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 复制 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR518...
2. FASTQ/FASTA split spot The spots are split into reads, for each read : 4 lines of FASTQ or 2 lines of FASTA are written into the single output-file. This mode allows for the output to be redirected to stdout via: '--stdout ( -Z )'. ...