在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍, 比fastq-dump快8-10倍! 那之后就多尝试用parallel-fastq-dump代替我常用的fasterq-dump+pigz吧
fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 (非--gzip模式) 用时:1m21s time(fasterq-dump--split-3-e12-O./SRR3414630.sra) fasterq-dump + pigz : 用时:2m14s time(fasterq-dump--split-3-e12-O./SRR3414630.sra;pigz-p12SRR3414630.fastq) ③ parallel-fas...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...