这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump...
用时:4m2s(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR7722937.sra ) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz...
time(parallel-fastq-dump-t12-O./--split-files--gzip-sSRR7722937.sra) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍, 比fastq-dump快8-10倍! 那之后就多尝试用parallel-fastq-dump代替我常用的faste...
SRR3156163_1.fastq SRR3156163_2.fastq SRR3156163.sra SRR3156164_1.fastq SRR3156164_2.fastq SRR3156164.sra [b20223040323@admin1 test02]$ll-h总用量 68G-rw-rw-r--1b20223040323 b20223040323 14G 10月616:49SRR3156163_1.fastq-rw-rw-r--1b20223040323 b20223040323 14G 10月616:49SRR3156163_2....
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra # 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040 ...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
github链接https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不...
github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 复制 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR518...
从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看(Kernel Mode)来看,fasterq-dump花了更多时间在调用底层硬件上,例如分配内存地址。fastq-dump基本上稳定在一个线程,而fasterq-dump尽管指定了20个线程,但平均只用了11.5个线程吧。
A (faster) wrapper for NCBI's fastq-dump with some convenience functions - fasterq_dump/fasterq_dump at main · glarue/fasterq_dump