conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设...
time ( fasterq-dump -e 12 -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra ; pigz -p 12 *fastq) ③ parallel-fastq-dump(--gzip) 用时:4m2s(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR772293...
(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time(parallel-fastq-dump-t12-O./--split-files--gzip-sSRR7722937.sra) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍, 比fastq-dump快8...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
同样的如果上面的fastqer-dump运行报错,请把 SRR5318040.sra 改成 ./SRR5318040. 从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看(Kernel Mode)来看,fasterq-dump花了更多时间在调用底层硬件上,例如分配内存地址。fastq-dump基本上稳定在一个线程,而fasterq-dump尽管指定了20个线...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题,从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher,github的链接是https://github.com/wwoo...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| S
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
A (faster) wrapper for NCBI's fastq-dump with some convenience functions - fasterq_dump/fasterq_dump at main · glarue/fasterq_dump