[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
用时:4m2s(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR7722937.sra ) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
time(fastq-dump-O./--split-files--gzipSRR7722937.sra) ② fasterq-dump + pigz 用时:11m12s (注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 ) time(fasterq-dump-e12-O./--split-files--include-technicalSRR7722937.sra;pigz-p12*fastq) ...
测试 1. fastq-dump time fastq-dump--split-3SRR3382386-O fastq_dump_result& 2. fasterq-dump 3. pfastq-dump 运行: time for i in SRR*; do pfastq-dump --split-3 --threads 12 -O pfastq_dump_result -s $i ; done