简介:之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@ac−si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra# 加上--gzip...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 一. 拆解一个sra文件 SRR6232298.sr...
使用其内置的fasterq-dump工具,用法和fastq-dump一样 支持多线程,默认6 threads,但不支持压缩成gz格式 下载安装脚本Cloud - apt-get install script- for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions derek@Ubuntu1804:~/Downloads$ bash setup-apt.sh[sudo]derek 的密码: setup-apt.sh:3:[:-ne:unexpected...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 代码语言:javascript 复制 cd~/Seqs fastq-dump--split...