parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
③ parallel-fastq-dump(--gzip) 用时:4m2s(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR7722937.sra ) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
conda install parallel-fastq-dump this will get you the sra-tools dependency as well. Important: Make sure the sra-tools package being installed is a recent version (>=2.10.0) to guarantee compatibility with NCBI servers, conda might try to install an older version to be compatible with exis...
标题: 摘要/简介:(如果是非转载的生信研究或资讯,请至少提供50字左右的介绍) 链接:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 多个内容再添加【推荐内容】ShixiangWang added the 推荐 label Jul 25, 2024 He-Kai-fly mentioned this issue Aug 18, 2024 【周刊】第 137 期 #2448 Closed Sign...
[ Zdroj:parallel-fastq-dump] Balík: parallel-fastq-dump (0.6.7-3) [universe] Odkazy pre parallel-fastq-dump Podobné balíky: parallel fastq-dump wrapper závisí odporúča navrhuje enhances python3 interactive high-level object-oriented language (default python3 version) ...
提示 使用fastq-dump下载很慢,即使有多个线程,也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标fastq-dump文件,这样fastq-dump将只需要进行转储。 所有其他参数将直接传递给fastq-dump ,-- --gzip ,-- --split-files和过滤器按预
#parallel-fastq-dump マルチコアでfastq-dumpを実行できるラッパーです。 本家はpythonですがinutanoさんがbashで実装しています。 pfastq-dumpの実行にはsra-toolsのfastq-dumpとsra-statのパスを通しておく必要があります。 git clone http://github.com/inutano/pfastq-dump ...
一、parallel-fastq-dump基本信息 parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: ...