运行 fastq-dump 需要一定的命令行知识。它可以从特定的数据源提取数据。了解输入数据的格式对使用 fastq-dump 很重要。 错误的操作可能导致无法得到期望的输出。正确配置 fastq-dump 能提高数据处理效率。有些情况下需要根据数据特点调整参数。熟悉 fastq-dump 的功能有助于科研工作。它能处理大规模的数据。但处理
由于fastq dump不支持多线程,因此不存在直接的命令行选项来启用多线程处理。如何通过外部工具或脚本来实现fastq dump的多线程处理: 尽管fastq dump不支持多线程,但你可以通过编写脚本来实现多线程处理。例如,你可以使用Python的concurrent.futures模块来并行地下载多个SRA运行。 以下是一个简单的Python脚本示例,展示了如何...
fastq-dump属于老款,按官方说法是目前仍然支持,但将来可能弃用。下面的fasterq-dump是新款。 2、 fasterq-dump 也是sra-tools提供: 参考文章:fasterq-dump使用介绍 使用差不多,参数上多了-e,后面加上想使用的线程数。 示例: fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p 可以...
fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
fastqdump：在处理450MB的单端测序SRA文件时，使用gzip模式耗时8m35s；在处理2.6GB的10X测序SRA文件时，使用gzip模式耗时38m23s。fastqdump是单线程工具，处理速度相对较慢。fasterqdump：虽然fasterqdump本身没有–gzip选项，但结合多线程压缩工具pigz可以加快处理速度。在处理450MB的单端测序SRA文件时...
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。
[b20223040323@admin1 test02]$ time fastq-dump --split-3SRR3156163.sra## 使用fastq-dump,并记录时间Read51332776spotsforSRR3156163.sra Written51332776spotsforSRR3156163.sra real4m52.519suser 4m35.183s sys 0m19.418s [b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用...
001、官网:https://github.com/inutano/pfastq-dump 002、下载最新版 wget -c https://github.com/inutano/pfastq-dump/archive/refs/tags/v0.1.6.tar.gz tar -xzvf pfastq-dump-0.1.6.tar.gz cd pfastq-dump-0.1.6/bin/ chmod +x pfastq-dump ...
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--splite-file可以。目前我猜--split-3不行的原因是双端测序的read title不能被fastq-dump识别，我...