运行 fastq-dump 需要一定的命令行知识。它可以从特定的数据源提取数据。了解输入数据的格式对使用 fastq-dump 很重要。 错误的操作可能导致无法得到期望的输出。正确配置 fastq-dump 能提高数据处理效率。有些情况下需要根据数据特点调整参数。熟悉 fastq-dump 的功能有助于科研工作。它能处理大规模的数据。但处理...
conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。 # SRA数据下载,提前安装好prefetchnohup prefetch SRR3498212&/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t8-O ./ ./SRR3498212.sra# 结果文件:SRR3498212.fastq 3. 双端数据拆分 # 输出.gz fastq压缩文件/pfastq-dump/bin/pfastq-dump\--threads8--outdir ./ ./SRR349XXXX...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。
将下载的SRA文件转换成fastq或者fasta文件 1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和...
[b20223040323@admin1 test02]$ time fastq-dump --split-3SRR3156163.sra## 使用fastq-dump,并记录时间Read51332776spotsforSRR3156163.sra Written51332776spotsforSRR3156163.sra real4m52.519suser 4m35.183s sys 0m19.418s [b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。 虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码 fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra ...
fastq-dump --defline-seq '@sn[_sn[_rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../02.fastq 习惯默认输出到上一层目录中的02.fastq这个文件夹中。想要输出到别的位置记得修改-O|--outdir参数哟 选加参数: --gzip, --bzip2: 以压缩文件的方式输出结果 ...