conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设...
fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能,首先安装sratoolkit 1:安装 Linux: curl -Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin #查看其中可运行的功能 echo export PATH=$PATH:...
fastq-dump是 sratoolkit 软件中的一个功能,首先安装 sratoolkit 1:安装 Linux:curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin &...
使用pfastq_dump,因为pfastq_dump是基于fastq_dump写的一个bash程序,所以参数是相同的: 对于单端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 10 ./$id --gzip; done 对于双端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 8 ./$id --spl...
一、parallel-fastq-dump基本信息 parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: ...
使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll ...
fastq-dump运行时间较长,更推荐fasterq-dump。 补充:使用NCBI提供的SRA-toolkit直接下载SRR文件,并转换为FASTQ格式(数据小于20G) 选择单个样本或多个样本,点击Accession List 下载得到SRR_Acc_List.txt 可将SRR_Acc_List.txt下载到本地后上传至Linux,也可获取SRR_Acc_List.txt链接在Linux里直接下载 ...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
首先,介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump,需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时,执行:fastq-dump(gzip模式):耗时8m35sfasterq-dump:无--gzip选项,结合多线程压缩工具pigz,耗时2m14sparallel-fastq-dump(gzip模式):耗时1m1s接着,测试2.6GB的10X...
下载完成后,使用fastq-dump命令拆分SRA数据,将其转换为fastq格式。使用--split-3参数处理双端测序数据,并通过-o参数指定输出目录,例如/home/cyh/Desktop/fastq。了解fastq-dump命令的其他参数,通过-h参数查询详细信息。例如,将文件输出到其他指定目录时,加-o参数指定输出路径。通过上述步骤,可得到两...