001、官网:https://github.com/inutano/pfastq-dump 002、下载最新版 wget -c https://github.com/inutano/pfastq-dump/archive/refs/tags/v0.1.6.tar.gz tar -xzvf pfastq-dump-0.1.6.tar.gz cd pfastq-dump-0.1.6/bin/ chmod +x pfastq-dump 003、调用测试 (base) [b20223040323@admin2 bin]$...
1、 fastq-dump 来源于NCBI出品的sra-tools的命令: GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Toolsgithub.com/ncbi/sra-tools 1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo ap...
fastq-dump是 sratoolkit 软件中的一个功能，首先安装 sratoolkit 1：安装 Linux：curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin &...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
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使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ lltotal 7532drwxr...
你可以通过运行 fastq-dump --version 来检查是否已安装以及安装的版本。 检查输入给 fastq-dump 的SRA 数据库编号或文件路径是否正确: 确认你提供给 fastq-dump 的SRA 编号或文件路径是准确无误的。例如,如果你使用的是 SRA 编号,命令应该类似于 fastq-dump SRR1234567。 查看fastq-dump 的日志文件或错误输出,...
此外,还能根据用户的需求将下载数据直接输出为SRA、Fastq、Fasta或Gzip等格式,非常方便,不需要自己再对SRA数据通过fasterq-dump进行拆分转换。 Kingfisher安装与使用 安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda create-c conda-forge-c bioconda-n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pan...
通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 #将之前的SRR3589956~SRR3589962转换为fastq格式#批量生成脚本,并让每条命令后台执行,速度更快foriin`seq56 62`;doechofastq-dump --gzip --split-3 /home/u3893/rna_seq_AKAP95/sra/SRR35899$i-O /home/u3893/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq \&;done>>raw_data...
git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump cd pfastq-dump/ chmod a+x pfastq-dump /pfastq-dump/bin/pfastq-dump -h pfastq-dump用法 2. 单端数据拆分 对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。 # SRA数据下载,提前安装好prefetch nohup prefetch SRR3498212 & /pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t...