1、 fastq-dump 来源于NCBI出品的sra-tools的命令: GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Toolsgithub.com/ncbi/sra-tools 1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo ap...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
3、安装MultiQC conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda 4、下载SRA序列 prefetch SRR17009175 prefetch SRR15971013(未及时截图,下面也顶上去后找不见了,5、6步骤同) 5、 解压SRA文件为fastq格式 运行命令 fastq-dump --gzip --split-files SRR15971013 fastq-...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
利用conda安装软件尤其简单, conda install multiqcmultiqc --help 使用也很方便, # 先获取QC结果 ls *gz | while read id; do fastqc -t 4 $id; done# multiqcmultiqc *fastqc.zip --pdf 会有一个html文件用来了解总体情况 除了用multiQC查看多个QC结果以外,还可以专门写一个脚本看每个样本的reads数量,GC含...
此外,还能根据用户的需求将下载数据直接输出为SRA、Fastq、Fasta或Gzip等格式,非常方便,不需要自己再对SRA数据通过fasterq-dump进行拆分转换。 Kingfisher安装与使用 安装 condacreate-c conda-forge -c bioconda -n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pandas requests aria2condaactivatekingfisher#使用conda ...
通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 #将之前的SRR3589956~SRR3589962转换为fastq格式 #批量生成脚本,并让每条命令后台执行,速度更快 for i in `seq 56 62`;do echo fastq-dump --gzip --split-3 /home/u3893/rna_seq_AKAP95/sra/SRR35899$i -O /home/u3893/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq \&;...
(1) 软件安装和介绍 SRAtoolkit是NCBI提供的SRA文件处理工具集, SRA文件是NCBI的SRA数据库数据的储存格式,许多公开的scRNA-seq数据都会上传到该数据库。SRAtoolkit将NCBI的SRA数据库中SRA文件转换为FastQ文件。 在conda的环境中安装SRAtoolkit。 地址:https://anaconda.org/daler/sratoolkit 代码语言:javascript 复制...
此外,还能根据用户的需求将下载数据直接输出为SRA、Fastq、Fasta或Gzip等格式,非常方便,不需要自己再对SRA数据通过fasterq-dump进行拆分转换。 Kingfisher安装与使用 安装 代码语言:javascript 复制 conda create-c conda-forge-c bioconda-n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pandas requests aria2 ...