macOS and Linux. Conda quickly installs, runs and updates packages and their dependencies. Conda easily creates, saves, loads and switches between environments on your local computer. It was created for Python programs, but it can package and distribute software for any language....
$ conda install -y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 $ prefetch --help $ fastq-dump --help $ which prefetch # 运行结果示例如下 # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下 # 也可以不运行which这个...
代码语言:javascript 复制 # 安装 fastqc 软件 conda install fastqc # 调出帮助文档 fastqc--help # 可以一次安装多个软件 conda install-y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ## 不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 # sra-tools prefetch--help fastq-dump--help w...
sample=${arr[0]} nohup $dump -A $sample -O $analysis_dir --gzip --split-3 sra/$srr.sra & done 注意:上述命令执行是在conda 的ChIP-seq环境下,运行前记得激活环境,且要先对dump进行赋值: dump=fastq-dump或者dump=~/biosoft/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin/fastq-dump 终于可以转换了。
fastq-dump --help which prefetch # trim-galore trim_galore --help # hisat2 hisat2 --help # subread featureCounts --help # multiqc multiqc --help # samtools samtools --help # salmon salmon --help # fastp fastp –help 问题1:如何指定安装的软件的版本?
fastq-dump--help which prefetch# trim-galoretrim_galore--help# hisat2hisat2-h# subreadfeatureCounts# multiqcmultiqc--help# samtoolssamtools which samtools# salmonsalmon# fastpfastp--help 8.conda其他用法 更新软件:conda update 软件名 卸载软件:conda remove 软件名 ...
## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令 # sra-tools prefetch --help fastq-dump --help...
samclip parallel-fastq-dump \ pandas numpy scipy biopython pysam matplotlib pandarallel \ snakemake weblogo hicexplorer # 按需求安装gatk4,本地没必要安装 mamba install gatk4 下载安装速度极快 接下来可以去配置Jupiter-lab的日常搬砖环境,可以参考我的知乎文章 ...
$ conda install -y sra-tools # 默认装软件最新版 安装每⼀个软件和调取帮助⽂档 安装成功出现三个done + 成功调取这个软件的帮助⽂档=软件安装成功 问题是我怎么知道出来的帮助⽂档是对的，⽽不是报错 ⼀般情况下，帮助⽂档的格式都是很统⼀的，左⾯是参数，右⾯是参数的英⽂解 释，...
conda install tensorflow-gpu=1.12 cudatoolkit 这种方式下，每个虚拟环境需要单独安装它所对应的cuda以及...