1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: ...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于...
一、parallel-fastq-dump基本信息 parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dum...
1.安装sra-tools: conda install sra-tools=3.0.7 -y 2. 下载Accession List 进入NCBISRA搜索页,使用BioprojectID搜索,然后点击Biosample,将列出来的所有Biosample都选中,在右上脚有个Send,选择File,Format选择 AccessionList,然后将保存的text移到你需要下载文件的目录下# 3. 使用Prefetch进行快速下载 ...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
2019-12-05 09:01 −创建自己的虚拟环境 conda create -n learn python=3 切换环境: activate learn 查看所有环境: conda env list 安装第三方包: conda install requests 常用的指令 activate // 切换到bas... 淼哥学习园地 0 629 MySQL dump 备份 ...
conda python3.6环境 安装 下载安装SRA Tookit 从https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software,或者下载最新的source code tar -zxvf sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz cd sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz ...