GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Toolsgithub.com/ncbi/sra-tools 1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2...
1:安装 Linux: curl -Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin #查看其中可运行的功能 echo export PATH=$PATH:/home/test/app/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin >> ~/....
fastq-dump是 sratoolkit 软件中的一个功能，首先安装 sratoolkit 1：安装 Linux：curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin &...
使用其内置的fasterq-dump工具,用法和fastq-dump一样 支持多线程,默认6 threads,但不支持压缩成gz格式 下载安装脚本Cloud - apt-get install script- for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions derek@Ubuntu1804:~/Downloads$ bash setup-apt.sh[sudo]derek 的密码: setup-apt.sh:3:[:-ne:unexpected...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
2018-03-26 15:13 −Downloading and installing the SRA Toolkit step1: 下载并安装SRAtoolkit (Download the Toolkit from the SRA website) If you are using ... zkkaka 0 3 8、SRR数据下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/ ...
# 写入export PATH="/opt/sratoolkit/bin:$PATH" source ~/.bashrc #让配置生效 此时便有了fastq-dump和fasterq-dump两个工具 下载安装pfastq-dump git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcd pfastq-dumpchmod a+x bin/pfastq-dumpln-s bin/pfastq-dump/path-to-Sratoolkit/bin ...