添加完成之后,首先使环境变量激活 cd .. #退出到根目录 source ~/.bashrc #激活添加的环境变量 fastq-dump -h #查看是否添加完成 2.使用
prefetch--option-file~/data/mmussr.txt-O~/data/ 之前用fastq-dump用以下命令一次将全部sra转为fastq.gz 可惜fastq-dump是个单线程软件,无法多线程执行,非常慢 fastq-dump--gzip--split-31data/SRA/*.sra -O 1data/01fastq/ 今天转了几个小时,不单速度慢,而且老出错,“段错误 (核心已转储)” 选区_004...
我现在得比一下用这种方法下载下来的(应该是最完整的)和我前面摸瞎摸索的wget+fastq-dump比一下看看需不需要从头来一遍(人生啊。。。 不知道为什么通过vim把目录加到环境变量里失败了。。。 每次用lftp指令前,需要加一下这句话: export PATH=$PATH:/data/users/minmingw/tools/lftp-4.9.2/usr/local/bin编辑...
下载fastq格式数据: /home/minmingw/sratoolkit/bin/fastq-dump --split-3 /home/minmingw/sratoolkit/ SRR11050949 #split-3是双端测序拆分,因此会出现两个fastq文件,分别为-1和-2。去掉--split3就不会拆分了。
fastq-dump是 sratoolkit 软件中的一个功能，首先安装 sratoolkit 1：安装 Linux：curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin &...
5、 解压SRA文件为fastq格式 运行命令 fastq-dump --gzip --split-files SRR15971013 fastq-dump --gzip --split-files SRR17009175 6、用FastQC进行数据质量测评 运行命令 fastqc SRR15971013_1.fastq.gz fastqc SRR15971013_2.fastq.gz fastqc SRR17009175_1.fastq.gz ...
有ftp地址,可以直接wget;有SRA ID ,可以直接prefetch,但是下载了,还要用fastq_dump解压转换为以fastq.gz结尾的文件 直接右键,复制链接,得到ftp地址,wget 超级快,批量下载fastq文件,多快乐 建了一个文件夹放下载下来的fastq文件 fastqc评价测试数据质量 建了一个文件夹放fastqc评价数据质量的结果 ...