001、官网:https://github.com/inutano/pfastq-dump 002、下载最新版 wget -c https://github.com/inutano/pfastq-dump/archive/refs/tags/v0.1.6.tar.gz tar -xzvf pfastq-dump-0.1.6.tar.gz cd pfastq-dump-0.1.6/bin/ chmod +x pf
fastq-dump是 sratoolkit 软件中的一个功能，首先安装 sratoolkit 1：安装 Linux：curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin &...
心塞啊 下载的aspera和aria2都不能用,坑爹啊...fastq-dump慢到我想去世,还很担心连接中断下载不完整...得知ENA上有现成的fastq文件,我必须想办法把它们搞下来...wget据说会不完整...尝试下ftp... 因为没有root…
就可以使用prefetch或者fastq-dump了。 (可选,如果你需sra格式的数据)见这个教程: gezi:如何将NCBI上完整GSE的SRA数据下载到远程服务器8 赞同 · 1 评论文章 下载fastq格式数据: /home/minmingw/sratoolkit/bin/fastq-dump --split-3 /home/minmingw/sratoolkit/ SRR11050949 #split-3是双端测序拆分,因此会出...
kali-pool-main-p-parallel-fastq-dump安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含kali-pool-main-p-parallel-fastq-dump安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
下载sra,最新版prefetch已不支持aspera,原因是ncbi数据存储已改成云模式,ascp并不支持,速度没优势 之前用fastq-dump用以下命令一次将全部sra...
有ftp地址,可以直接wget;有SRA ID ,可以直接prefetch,但是下载了,还要用fastq_dump解压转换为以fastq.gz结尾的文件 直接右键,复制链接,得到ftp地址,wget 超级快,批量下载fastq文件,多快乐 建了一个文件夹放下载下来的fastq文件 fastqc评价测试数据质量 建了一个文件夹放fastqc评价数据质量的结果 ...
5、再次测试sratoolkit安装情况 fastq-dump prefetch -h # 可以显示帮助文档就说明安装成功 如果要下载数据比如SRR文件,直接加ID号,指定输出目录就好 prefetch SRRxxxxxxx -O PATH (完整内容请关注今晚的文章哦!) 发布于 2022-07-25 11:00 写下你的评论... ...
5、 解压SRA文件为fastq格式 运行命令 fastq-dump --gzip --split-files SRR15971013 fastq-dump --gzip --split-files SRR17009175 6、用FastQC进行数据质量测评 运行命令 fastqc SRR15971013_1.fastq.gz fastqc SRR15971013_2.fastq.gz fastqc SRR17009175_1.fastq.gz ...
fastq-dump安装及使用 fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能,首先安装sratoolkit 1:安装 Linux: curl -Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin #查看其中可运行的功能...