conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
conda create -n testenv sra-tools conda activate testenv fastq-dump --version 查看fastq-dump的错误日志,定位具体错误原因: fastq-dump通常会生成错误日志,你可以查看该日志文件以获取更详细的错误信息。日志文件的位置可能在执行命令的当前目录下,或者由环境变量指定。 如果日志文件中没有提供足够的信息,你可以...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
conda install parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' If that doesn't work you could also install it on a separate new env: conda create -n testenv parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' Examples $ parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files ...
conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip、--split-3等): 二、各命令处理SRA文件用时比较 1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ...
在conda环境进行SRA文件快速下载 1.安装sra-tools: conda install sra-tools=3.0.7 -y 2. 下载Accession List 进入NCBI SRA搜索页,使用Bioproject ID 搜索,然后点击Biosample,将列出来的所有Biosample都选中,在右上脚有个Send,选择File, Format选择 Accession List,然后将保存的text移到你需要下载文件的目录下 ...
2019-12-05 09:01 −创建自己的虚拟环境 conda create -n learn python=3 切换环境: activate learn 查看所有环境: conda env list 安装第三方包: conda install requests 常用的指令 activate // 切换到bas... 淼哥学习园地 0 637 MySQL dump 备份 ...
(1) 安装sra-tools # 创建sratools环境 conda create -n sratools # 激活sratools环境 conda activate...
(1) 安装sra-tools# 创建sratools环境conda create -n sratools# 激活sratools环境conda activate sra...