conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip...
1.安装sra-tools: conda install sra-tools=3.0.7 -y 2. 下载Accession List 进入NCBISRA搜索页,使用BioprojectID搜索,然后点击Biosample,将列出来的所有Biosample都选中,在右上脚有个Send,选择File,Format选择 AccessionList,然后将保存的text移到你需要下载文件的目录下# 3. 使用Prefetch进行快速下载 ...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
conda install parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' If that doesn't work you could also install it on a separate new env: conda create -n testenv parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' Examples $ parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files ...
2019-12-05 09:01 −创建自己的虚拟环境 conda create -n learn python=3 切换环境: activate learn 查看所有环境: conda env list 安装第三方包: conda install requests 常用的指令 activate // 切换到bas... 淼哥学习园地 0 629 MySQL dump 备份 ...
conda python3.6环境 安装 下载安装SRA Tookit 从https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software,或者下载最新的source code tar -zxvf sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz cd sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz ...