conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
在conda环境进行SRA文件快速下载 1.安装sra-tools: conda install sra-tools=3.0.7 -y 2. 下载Accession List 进入NCBISRA搜索页,使用BioprojectID搜索,然后点击Biosample,将列出来的所有Biosample都选中,在右上脚有个Send,选择File,Format选择 AccessionList,然后将保存的text移到你需要下载文件的目录下# 3. 使用...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
nohup prefetch-O .$(<srr_acc_list.txt)&<=""span="">fastq-dump--gzip--split-files*.sra&gunzip*.fastq.gz 软件下载 仍然使用我们的老朋友miniconda下载,真的很方便,miniconda的安装方法小果也分享过哦~ conda create--name fastp-y conda activate fastp ...
conda install multiqcmultiqc --help 使用也很方便, # 先获取QC结果 ls *gz | while read id; do fastqc -t 4 $id; done# multiqcmultiqc *fastqc.zip --pdf 会有一个html文件用来了解总体情况 除了用multiQC查看多个QC结果以外,还可以专门写一个脚本看每个样本的reads数量,GC含量,Q20,Q30的比例 ...
此外,还能根据用户的需求将下载数据直接输出为SRA、Fastq、Fasta或Gzip等格式,非常方便,不需要自己再对SRA数据通过fasterq-dump进行拆分转换。 Kingfisher安装与使用 安装 condacreate-c conda-forge -c bioconda -n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pandas requests aria2condaactivatekingfisher#使用conda ...
conda install parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' If that doesn't work you could also install it on a separate new env: conda create -n testenv parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' Examples $ parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files ...
此外,还能根据用户的需求将下载数据直接输出为SRA、Fastq、Fasta或Gzip等格式,非常方便,不需要自己再对SRA数据通过fasterq-dump进行拆分转换。 Kingfisher安装与使用 安装 代码语言:javascript 复制 conda create-c conda-forge-c bioconda-n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pandas requests aria2 ...