fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: 1.--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 2.--split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的...
我们一般使用fastq-dump的方式为 fastq-dump /path/to/xxx.sra 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会把双端测序结果保存到一个文件里, 但是如果你加上--split-3之后, 他会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. 还有你用--gzip就能输出gz格式, 能够节省空间的同时也...
我们一般使用fastq-dump的方式为 fastq-dump /path/to/xxx.sra 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会把双端测序结果保存到一个文件里, 但是如果你加上--split-3之后, 他会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. 还有你用--gzip就能输出gz格式, 能够节省空间的同时也...
ls SRR*/*sra |while read id;do (fasterq-dump --split-files -e 10 --include-technical -b 100MB -c 200MB -m 2000MB $id);done 运行完毕后,每个sra文件会解压出3个fq文件,如下所示 代码语言:txt 复制 $ ls -lh *gz |cut -d" " -f 5- ...
现在知道了，原来是作者上传的时候，上传的是bam文件，要先SRA转bam，再用cellranger转fastq。也遇到这个...
./sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump /path/to/xxx.sra 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会把双端测序结果保存到一个文件里, 但是如果你加上--split-3之后, 他会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. 还有你用--gzip就能输出gz格式, 能够节省空间...
还是举个例子比较好,我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名,保存为id.name文件,想根据这个id文件从原始的fastq文件(单端)raw.fastq中把序列提出来。这里id.name中id数目42万左右,raw.fastq序列数1000万左右: 代码语言:javascript 复制 $ wc-l id.name426648 id.name$ wc-l raw.fastq41867248raw....
ls SRR*/*sra |while read id;do (fasterq-dump --split-files -e 10 --include-technical -b 100MB -c 200MB -m 2000MB $id);done 运行完毕后,每个sra文件会解压出3个fq文件,如下所示 $ ls -lh *gz |cut -d" " -f 5- 985M 21:45 SRR13924917_1.fastq.gz ...