1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump ② fasterq-dump ③ parallel-fastq-dump 2. 再测试处理一个2.6G的10X测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump (--gzip) ② fasterq-dump + pigz ③ parallel-fastq-dump(--gzip) 最近新发现一个工具——parallel-fastq-dump,能多线程运行fastq...
1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump (非--gzip模式) 用时:1m49s time(fastq-dump-O./--split-3SRR3414630.sra) (--gzip模式) 用时:8m35s time(fastq-dump-O./--split-3--gzipSRR3414630.sra) ② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
--split-3:不知道sra是单端还是双端,默认使用--split-3 常见的参数有三类: --split-spot: Split spots into individual reads (将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中) --split-files: Write reads into separate files. Read number will be suffixed to the file name.NOTE! The `--split-3` ...