默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
可惜fastq-dump是个单线程软件,无法多线程执行,非常慢 fastq-dump--gzip--split-31data/SRA/*.sra -O 1data/01fastq/ 今天转了几个小时,不单速度慢,而且老出错,“段错误 (核心已转储)” 选区_004.png 查了下看看有什么方法可以改善,发现可以安装最新版的sratoolkit 使用其内置的fasterq-dump工具,用法和fastq...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
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