parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 * (非--gzip模式) 用时:1m21s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra) * fasterq-dump + pigz : 用时:2m14s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra ; pigz -p ...
fasterq-dump | 多线程转化NCBI-SRA数据 方法 fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较 - 知乎 注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 fasterq-dump-e48-O./-b 200MB-c 400MB-m 4000MB--split-files--include-...
fastq-dump(gzip模式):耗时8m35sfasterq-dump:无--gzip选项,结合多线程压缩工具pigz,耗时2m14sparallel-fastq-dump(gzip模式):耗时1m1s接着,测试2.6GB的10X测序SRA文件:fastq-dump(gzip):耗时38m23sfasterq-dump + pigz:耗时11m12sparallel-fastq-dump(gzip):耗时4m2s由此可见,parallel...
[b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用fasterq-dump,记录时间spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real1m53.699s ## faster-dump速度更快user 6m20.624s sys 1m4.905s ...
所以先简单百度了一下,发现这个fasterq-dump支持多线程,而fastq-dump是个单线程软件,所以小学思维,6个小学生肯定打得过一个小学生。 开始装 fasterq-dump wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz ...
A (faster) wrapper for NCBI's fastq-dump with some convenience functions - fasterq_dump/fasterq_dump at main · glarue/fasterq_dump
Fasterq-dump is the successor to the older fastq-dump tool, but faster. However: it is not a drop-in replacement, options and defaults are different. The tool has one mandatory argument: the accession. example: $fasterq-dump SRR000001 ...
sraopt = SRAFasterqDumpOptions; sraopt.FastaOutput = true; tbl2 = srafasterqdump("SRR11846824",sraopt); Alternatively, you can specify the options as name-value arguments instead of using the options object. tbl2 = srafasterqdump("SRR11846824",FastaOutput=true); You can also download the...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...