fasterq-dump | 多线程转化NCBI-SRA数据 方法 fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较 - 知乎 注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 fasterq-dump-e48-O./-b 200MB-c 400MB-m 4000MB--split-files--include-...
parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 * (非--gzip模式) 用时:1m21s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra) * fasterq-dump + pigz : 用时:2m14s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra ; pigz -p ...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
也就是一般是下面的这个命令 fasterq-dump--split-3-e20*.sra 但是我发现这样实际上是调用不到多线程的?但是有时任务不急就没管,不过现在要弄接近一百个文件,每个解压缩后都很大,所以不得不看帮助文档了 Usage:fasterq-dump[options][accessions(s)...]Parameters:accessions(s)listof accessions to process ...
A (faster) wrapper for NCBI's fastq-dump with some convenience functions - fasterq_dump/fasterq_dump at main · glarue/fasterq_dump
Fasterq-dump is the successor to the older fastq-dump tool, but faster. However: it is not a drop-in replacement, options and defaults are different. The tool has one mandatory argument: the accession. example: $fasterq-dump SRR000001 ...
sraopt = SRAFasterqDumpOptions; sraopt.FastaOutput = true; tbl2 = srafasterqdump("SRR11846824",sraopt); Alternatively, you can specify the options as name-value arguments instead of using the options object. tbl2 = srafasterqdump("SRR11846824",FastaOutput=true); You can also download the...