下载安装pfastq-dump git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcd pfastq-dumpchmod a+x bin/pfastq-dumpln-s bin/pfastq-dump/path-to-Sratoolkit/bin 测试 1. fastq-dump time fastq-dump--split-3SRR3382386-O fastq_dump_result& 2. fasterq-dump 3. pfastq-dump 运行: time for i in...
(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time(parallel-fastq-dump-t12-O./--split-files--gzip-sSRR7722937.sra) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍, 比fastq-dump快8...
fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 * (非--gzip模式) 用时:1m21s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra) * fasterq-dump + pigz : 用时:2m14s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra ; pigz -p ...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
开始装 fasterq-dump wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz #有耐心的可以等,80m的大小,但是速度只有20k左右。迅雷还能快点 #常规安装 tar -xzf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz #直接解压后就可以添加环境变量了 ...