使用fastq-dump下载SRA数据 使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool...
数据下载 方法：https://www.omicsclass.com/article/964
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
fastq-dump -X 5 -Z SRR492257 #直接看到DRR047093数据的前5条/对Reads,输出在屏幕 fastq-dump -O ./data SRR492257 #将fastq格式的Reads文件下载到./data目录,但是Read 1与Read2并排存储在fastq文件中,对后续分析造成不便。 fastq-dump –split-files -O ./data SRR492257 #将Reads 1和Reads 2两个文件...
fastq-dump --split-files XXXX.sra 双端测序--split-spot:将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 fastq-dump --split-spot XXXX.sra 单端测序 fastq-dump XXXX.sra 需要进行trinity de novo组装的转录组数据,否则后续在组装阶段会报错 fastq-dump --defline-seq '@ ...
fastq-dump运行时间较长,更推荐fasterq-dump。 补充:使用NCBI提供的SRA-toolkit直接下载SRR文件,并转换为FASTQ格式(数据小于20G) 选择单个样本或多个样本,点击Accession List 下载得到SRR_Acc_List.txt 可将SRR_Acc_List.txt下载到本地后上传至Linux,也可获取SRR_Acc_List.txt链接在Linux里直接下载 ...
time (fastq-dump -O ./ --split-3 --gzip SRR3414630.sra) ② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 * (非--gzip模式) 用时:1m21s ...
而10x上游使用Cellranger软件需要3个fastq文件...(参见生信技能树 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 ) 没办法,只能继续先下载SRA文件,再用fasterq-dump(--split-files --include-technical 参数)或fastq-dump、 parallel-fastq-dump(--split-files参数)转成三个fastq文件。(如果有更好办法,欢迎评论区留...
NCBI上下载的原始数据为SRA数据,而适用于大部分生物软件的是fastq格式,所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 1、下载软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz ...
1. github下载 git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcdpfastq-dump/ chmod a+x p...