fastq-dump --split-3 XXXX.sra 双端测序--split-files:将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 fastq-dump --split-files XXXX.sra 双端测序--split-spot:将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 fastq-dump --split-spot XXXX.sra ...
使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll total 7532 drw...
下载完成后,本地用fastq-dump提取fastq文件,用sam-dump提取SAM文件。 其次,如果上述方法不奏效,优先使用sratoolkit中的prefetch命令。 最后,使用sratoolkit中的fastq-dump和sam-dump命令下载,如果fastq-dump不稳定,推荐大家尝试Biostar Handbook中的wonderdump脚本。 警告:不要用wget或curl去下载sra文件,这会导致下载的文...
fastq-dump -X 5 -Z SRR492257 #直接看到DRR047093数据的前5条/对Reads,输出在屏幕 fastq-dump -O ./data SRR492257 #将fastq格式的Reads文件下载到./data目录,但是Read 1与Read2并排存储在fastq文件中,对后续分析造成不便。 fastq-dump –split-files -O ./data SRR492257 #将Reads 1和Reads 2两个文件...
fastq-dump --split-3 SRR12415658.sra -o /home/cyh/Desktop/sra 将结果输出到/home/cyh/Desktop/fastq,(文件你得先有) 3、还需了解其他参数,可以使用-h参数。比如,如果你需要将文件输出到其他地方,加个-o参数。 fastq-dump -h 后续可以得到两个fastq文件,用于后续FastQC质控。
fastq-dump运行时间较长,更推荐fasterq-dump。 补充:使用NCBI提供的SRA-toolkit直接下载SRR文件,并转换为FASTQ格式(数据小于20G) 选择单个样本或多个样本,点击Accession List 下载得到SRR_Acc_List.txt 可将SRR_Acc_List.txt下载到本地后上传至Linux,也可获取SRR_Acc_List.txt链接在Linux里直接下载 ...
下载完成后，使用fastq-dump命令拆分SRA数据，将其转换为fastq格式。使用--split-3参数处理双端测序数据，并通过-o参数指定输出目录，例如/home/cyh/Desktop/fastq。了解fastq-dump命令的其他参数，通过-h参数查询详细信息。例如，将文件输出到其他指定目录时，加-o参数指定输出路径。通过上述步骤，可得到两...
SRA数据库及下载二代测序原始数据转换为fastq文件 ,感谢作者分享,我只是Mark下来给自己看,再次申明,不是原创: 自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。
② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 * (非--gzip模式) 用时:1m21s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra) ...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。...具体用法如下: Usage: fastq-dump [options] [...]...fastq-dump [options] Use option --help for more informat...