使用 fastq-dump 前要确保相关环境已准备好。这个工具在生物信息学中较为常见。Fastq-dump 有多种参数可设置。不同的参数会产生不同的结果。运行 fastq-dump 需要一定的命令行知识。它可以从特定的数据源提取数据。了解输入数据的格式对使用 fastq-dump 很重要。 错误的操作可能导致无法得到期望的输出。正确配置 ...
(注意!bashrc文件中只保留一行export PATH,所以如果你的bashrc文件中已经有了export PATH开头的这行,那就使用第一种添加环境变量的方法,否则会让变量不起作用,还没探究为什么,自身经验之谈) 添加完成之后,首先使环境变量激活 cd .. #退出到根目录 source ~/.bashrc #激活添加的环境变量 fastq-dump -h #查看是否...
使用pfastq_dump,因为pfastq_dump是基于fastq_dump写的一个bash程序,所以参数是相同的: 对于单端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 10 ./$id --gzip; done 对于双端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 8 ./$id --spl...
fastq-dump -X 5 -Z SRR492257 #直接看到DRR047093数据的前5条/对Reads,输出在屏幕 fastq-dump -O ./data SRR492257 #将fastq格式的Reads文件下载到./data目录,但是Read 1与Read2并排存储在fastq文件中,对后续分析造成不便。 fastq-dump –split-files -O ./data SRR492257 #将Reads 1和Reads 2两个文件...
使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll ...
github链接https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不...
2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功 ~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sratoolkit安装文件路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bash...
fastq-dump是 sratoolkit 软件中的一个功能，首先安装 sratoolkit 1：安装 Linux：curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin &...
需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快的 大家如果遇到这...