使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll total 7532 drw...
fastq-dump -X 5 -Z SRR492257 #直接看到DRR047093数据的前5条/对Reads,输出在屏幕 fastq-dump -O ./data SRR492257 #将fastq格式的Reads文件下载到./data目录,但是Read 1与Read2并排存储在fastq文件中,对后续分析造成不便。 fastq-dump –split-files -O ./data SRR492257 #将Reads 1和Reads 2两个文件...
主要使用的工具是prefetch和fastq-dump。其中,prefetch主要是用来从NCBI的数据库中下载得到.sra文件,文件将会保存在如下地址: ~/ncbi/public/sra/ fastq-dump则可以将下载所得的.sra文件转化为.fastq文件,可以配套prefetch获得fastq文件,也可以单独使用下载得到fastq文件(速度巨慢)。 2.2 NCBI 数据下载示例 无论是使用...
fastq-dump --gzip --split-3 -o ./ /SRR1039508.sra 便开始生成SRR1039508_1.fastq.gz文件。 1.2 直接wget 这是一个研究对象为拟南芥的文章,所有的fastq数据存放于此, ID为E-MTAB-5130。 先获取.txt文件,再提取出URL,wget下载。 wget http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-5130/E-MTAB-51...
建议使用后台下载:(如果是服务器,后台下载不会因为连接中断而中断,除非服务器网断了) nohup prefetch SRR12415658 & 对于多个数据下载:(方法多种多样,可以自己写循环) 2、下载后,使用fastq-dump拆分sra数据,转变为fastq格式数据 fastq-dump --split-3 SRR12415658.sra ...
ena-ascp,调用Aspera从ENA中下载.fastq.gz数据 ena-ftp,调用curl从ENA中下载.fastq.gz数据 prefetch,调用prefetch从NCBI SRA数据库中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 aws-http,调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换也就是说,如果是用的ENA...
下载截图 3. fastq-dumq拆分SRA为fastq文件 10X单细胞数据相对比较复杂,其测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。因此需要对SRA文件进行拆分以获取上述文件,拆分需要使用fastq-dump软件,为sra-tool工具中的软件之一。 fastq-dump使用--split-files来替代--split-3 ,就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列...
下载完成后，使用fastq-dump命令拆分SRA数据，将其转换为fastq格式。使用--split-3参数处理双端测序数据，并通过-o参数指定输出目录，例如/home/cyh/Desktop/fastq。了解fastq-dump命令的其他参数，通过-h参数查询详细信息。例如，将文件输出到其他指定目录时，加-o参数指定输出路径。通过上述步骤，可得到两...
从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是aws-http (下载速度超级快) 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra...
NCBI上下载的原始数据为SRA数据,而适用于大部分生物软件的是fastq格式,所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 1、下载软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz ...