而10x上游使用Cellranger软件需要3个fastq文件...(参见生信技能树 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 ) 没办法,只能继续先下载SRA文件,再用fasterq-dump(--split-files --include-technical 参数)或fastq-dump、 parallel-fastq-dump(--split-files参数)转成三个fastq文件。(如果有更好办法,欢迎评论区留...
一、思路分析: 百度一下,看看有没有没有现成的批量下载方法 二、查到的一种比较简介的可以直接下载fastq文件的方法 从ncbi下载sra数据的几种种方式用的是prefetc...
下载截图 3. fastq-dumq拆分SRA为fastq文件 10X单细胞数据相对比较复杂,其测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。因此需要对SRA文件进行拆分以获取上述文件,拆分需要使用fastq-dump软件,为sra-tool工具中的软件之一。 fastq-dump使用--split-files来替代--split-3 ,就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列...
但是能快一点总是好的,所以在2018年的6月份,sra-tools更新了一个新的sra解压工具,[fasterq-dump] a faster fastq-dump,它能利用临时文件和多线程加速从SRA文件提取FASTQ。 fasterq-dump的用法和fastq-dump一样,如下所示 fasterq-dump--split-3SRR5318040.sra-t/mnt/d/temp-e24;###-t 是临时文件夹位置,-e...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
下载SRA Toolkit后，解压并将其添加到PATH环境变量中。使用prefetch命令下载SRR文件，如SRR453191，然后用fastq-dump工具将.sra文件转换为fastq文件，单端或双端测序数据处理方式不同。接下来，利用bwa进行比对，先对reference文件进行索引，然后将reads装配到reference，生成sam文件。samtools用于将sam转换为BAM...
首先，从FASTQ文件的获取开始。如果你自行测序，FASTQ文件会直接提供；若用于学习，可以从NCBI的SRA库下载。SRA库存储测序后的reads数据，可通过wget下载少量数据，或使用SRA Toolkit批量下载。安装SRA Toolkit后，通过`prefetch`命令下载SRR文件，如`$prefetch SRR453191`。接着，利用`fastq-dump`将.sra文件...
通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 #将之前的SRR3589956~SRR3589962转换为fastq格式 #批量生成脚本,并让每条命令后台执行,速度更快 for i in `seq 56 62`;do echo fastq-dump --gzip --split-3 /home/u3893/rna_seq_AKAP95/sra/SRR35899$i -O /home/u3893/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq \&;...
2018-09-04 10:22 −> NCBI上下载的原始数据为SRA数据,而适用于大部分生物软件的是fastq格式,所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 ### 1、下载软件 ```shell wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih... ...
调用prefetch从NCBI SRA数据库中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 aws-http,调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换也就是说,如果是用的ENA源 直接下载的就是fastq,如果用的SRA或其他,那就是下载SRA数据 然后kingfisher再自动调用fasterq-dump...