fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显示进程 -e 24使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。 2.1 fasterq-dump参数模式: fasterq-dump 2.2 --split-3 split-3 2.3 --split-spot split-spot split-spot, include technical 2.4 --split-files split-file...
② fasterq-dump + pigz 用时:11m12s(注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 ) time ( fasterq-dump -e 12 -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra ; pigz -p 12 *fastq) ③ parallel-fastq-dump(--gzip) 用时:...
time(fastq-dump-O./--split-files--gzipSRR7722937.sra) ② fasterq-dump + pigz 用时:11m12s (注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 ) time(fasterq-dump-e12-O./--split-files--include-technicalSRR7722937.sra;pigz-p12*fastq) ...
time fastq-dump --split-files -O ~/tmp SRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s time fasterq-dump -e 16 --split-files -O ~/ SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像没有快个...
time fastq-dump--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s 代码语言:javascript 复制 time fasterq-dump-e16--split-files-O~/SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像...
I downloaded sra-tools from conda through the command: conda install -c bioconda/label/cf201901 sra-tools I'm running the following code: fasterq-dump --split-files SRR11180057 I have created a separate environment solely for sra-tools, ...
fasterq-dump SRRXXXXXX --concatenate-reads --include-technical Here are some important differences tofastq-dump: The-Z|--stdoutoption does not work for split-3 and split-files. The tool will fall back to producing files in these cases. ...
需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra ...
#fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra 以我多年考六级的经验来着,带er的东西肯定更强(狗头) 所以先简单百度了一下,发现这个fasterq-dump支持多线程,而fastq-dump是个单线程软件,所以小学思维,6个小学生肯定打得过一个小学生。 开始装 fasterq-dump ...
需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 复制 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra ...