1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
fastq-dump拆分参数说明：--split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中 --split-files: ...
fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系 fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系分类: linux shell 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 小鲨鱼2018 粉丝- 138 关注- 24 会员号:2227 +加关注 0 0 升级成为会员 ...
fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显示进程 -e 24使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。 2.1 fasterq-dump参数模式: fasterq-dump 2.2 --split-3 split-3 2.3 --split-spot split-spot split-spot, include technical 2.4 --split-files split-file...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip、--split-3等): 二、各命令处理SRA文件用时比较 1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump (非--gzip模式) ...
自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。 fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" ...
fastq-dump --defline-seq '@sn[_rn]/$ri' --split-files file.sra 根据洲更学长的文章,把--split-files改成--split-3会更好一些(具体区别请移步学长的简书文章,链接在上方)。 故最后得到命令是这样的: 日常命令 fastq-dump --defline-seq '@sn[_rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../02.fas...
SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --spli...
fastq-dump使用--split-files来替代--split-3 ,就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列都是8bp,第2个文件26bp,第3个文件91bp,判断第3个文件时包含测序reads的文件。 ### 单个SRA数据拆分(测试) ### # fastq-dump为-A为指定文件名, --gzip为输出.gz压缩文件 fastq-dump --gzip --split-files -A ...