fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p 可以显示进程 -e 24 使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。 2.1 fasterq-dump参数模式: fasterq-dump 2.2 --split-3 split-3 2.3 --split-spot split-spot split-spot, include technical 2.4 --split-files split-...
在使用NCBI 工具fastq-dump拆分SRA文件时,拆分速度慢, fastq-dump拆分参数说明:--split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中--split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有…
fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系 fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系分类: linux shell 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 小鲨鱼2018 粉丝- 140 关注- 24 会员号:2227 +加关注 0 0 升级成为会员 ...
fastq dump是SRA Toolkit中的一个工具,用于从SRA(Sequence Read Archive)数据库中下载FASTQ格式的序列数据。 基本用法示例:fastq-dump --split-files SRR1234567,这会将指定的SRA运行(SRR1234567)下载为分开的FASTQ文件。fastq dump是否原生支持多线程:
SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --spli...
cd pfastq-dump-0.1.6/bin/ chmod +x pfastq-dump 003、调用测试 (base) [b20223040323@admin2 bin]$./pfastq-dump 004、拆分sra文件测试: [b20223040323@admin2 test7]$lsSRR1770413 [b20223040323@admin2 test7]$pfastq-dump --threads8--gzip --split-files --outdir ./ -s ./SRR1770413Using ...
默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: --split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而...
fastq-dump --split-files -F SRR123456 8,GEO/SRA的fastq文件都是原始下机数据吗? 一般是原始下机数据(read长度完全一样),但是也有去接头之后的clean数据(长度不一样)。 我们来看看GSM2724031的原始文件,下载后,转成fastq文件。 发现这个fastq的质量分数全是?,而其他原始数据不存在这个问题,推测GSM2724031样品...
github链接https:///rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra...
fastq-dump --gzip --split-files *.sra & gunzip *.fastq.gz 二、软件下载 仍然使用我们的老朋友miniconda下载,真的很方便,miniconda的安装方法小果也分享过哦~ conda create --name fastp -y conda activate fastp conda install -c bioconda fastp ...