fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系 fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系分类: linux shell 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 小鲨鱼2018 粉丝- 136 关注- 24 会员号:2227 +加关注 0 0 升级成为会员 ...
fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显示进程 -e 24使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。 2.1 fasterq-dump参数模式: fasterq-dump 2.2 --split-3 split-3 2.3 --split-spot split-spot split-spot, include technical 2.4 --split-files split-file...
在使用NCBI 工具fastq-dump拆分SRA文件时,拆分速度慢, fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --spli...
fastq-dump --split-files XXXX.sra 双端测序--split-spot:将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 fastq-dump --split-spot XXXX.sra 单端测序 fastq-dump XXXX.sra 需要进行trinity de novo组装的转录组数据,否则后续在组装阶段会报错 fastq-dump --defline-seq '@ ...
自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。 fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" ...
fasterq-dump --split-files ./SRR24318100/SRR24318100.sra --include-technical 这样就可以生成3个...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。...具体用法如下: Usage: fastq-dump [options] [...]...fastq-dump [options] Use option --help for more informat...